 |
|
|
Мустафин Захар Сергеевич, к. б. н.
|
Публикации
| 2023 |
Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers
Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[J Biomed Res]
|
|
Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus
Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I.
[Biology]
|
|
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
[INT J MOL SCI]
|
|
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes
Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости
Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders
Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression?
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
|
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies
Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[ANTICANCER RES]
|
|
Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином
В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека
З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности
С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Генетика]
|
| 2019 |
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana
Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov
[Genes]
|
|
SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres
Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina
[BMC GENOMICS]
|
|
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
|
| 2018 |
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”]
|
| 2017 |
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
|
| 2016 |
A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2015 |
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
Конференции
| 2022 |
Computer annotation of plant protein sequences
based on sequence similarity and orthology
Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
|
|
Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software
Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
|
Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals
Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
|
|
Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts
Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)]
|
|
Phylostratigraphic analysis of human cancers
transcriptomic data
Ivanov R.
Mustafin Z.
Lashin S.
[BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2021 |
Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа
МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В.,
ЛАШИН С.А.
[САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ]
|
| 2020 |
Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis
Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S.
[BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.]
|
|
OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes
Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”]
|
| 2019 |
Реконструкция и анализ генной сети сахарного диабета 2 типа
Замятин В.И., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Климонтов В.В., Лашин С.А.
[III Российская мультидисциплинарная конференция с международным участием "Сахарный диабет-2019: от мониторинга к управлению"]
|
|
Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis
Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A.
[The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений
Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А.
[VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы]
|
| 2018 |
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy
metabolism disorders
S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich,
D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov
[BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium]
|
|
Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders
Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V.
[Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium]
|
|
Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis.
Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A.
[The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018).]
|
|
On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[BGRS 2018]
|
|
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
|
|
Программные средства для комплексного анализа генных сетей
С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины]
|
|
Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ
Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А.,
Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»]
|
| 2017 |
Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей
З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования
С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
|
|
Анализ эволюционных характеристик генных сетей с помощью программы Orthoscape
Лашин С.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
|
| 2016 |
Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study
Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
HAPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, Z.S. Mustafin, A.D. Chekantsev, R.K. Zudin, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
HEC 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Лашин С.А.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBBI’2016)]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
|
|
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
|
ГЭК 3D: инструмент для многоуровневого моделирования пространственно распределённых микробных сообществ
Клименко А. И., Мустафин З.С., Матушкин Ю. Г., Лашин С. А.
[XVII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2016)]
|
| 2015 |
Комплексные модели микробных сообществ
Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г.
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»]
|
|
Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”]
|
|
High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities
Mustafin Z.S., Lashin S.A.
[The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
|
| 2014 |
Allelic coadaptation and fitness landscape predetermine the optimal Evolutionary mode in prokariotic communities: a simulation study
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2014)]
|
|
Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
|
|
High Performance computing simulation of evolutionary processes in basterial communities
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)]
|
|
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Международная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"]
|
| 2013 |
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор"
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»]
|
| 2012 |
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution
Мустафин З.С., Лашин С. А.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2012)]
|
|
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Systems Bioligy & Bioinformatics (SBB 2012)]
|
|
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор"
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
|
Патенты
| 2016 |
Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.
|
| 2015 |
Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)»
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.
|
|
Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC)
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.
|
|
|
