 |
 |
|
Система учета научной деятельности (ASSA) |
|
|
|
 |
|
 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Сектор компьютерного анализа и моделирования биологических систем (т.105)Лаборатория молекулярно-генетических систем (т.13)
Научные результаты Сотрудники Богомолов Антон Геннадьевич [научный сотрудник] Казанцев Федор Владимирович [старший научный сотрудник] Лукинов Виталий Леонидович [научный сотрудник] Приходько Алексей Юрьевич [инженер] Титов Игорь Иванович [старший научный сотрудник] Шахов Владимир Владимирович [ведущий научный сотрудник] Шишленин Максим Александрович [ведущий научный сотрудник] Бывшие сотрудникиАюшеева Туяна АлександровнаКолодкин Алексей Николаевич Кузьмичев Александр Валерьевич Тарханова Олеся Юрьевна Трофимова Мария Федоровна Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 97 98 99 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
| 2024 | Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index. A.V. Fedyaeva, S.D. Afonnikova, D.A. Afonnikov, O.G. Smirnova, V.N. Deeva, A.I. Pryanishnikov, E.A. Salina RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Volume 71, article number 56
|
| Identification of novel loci precisely modulating pre-harvest sprouting resistance and red color components of the seed coat in T. aestivum L. Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Komyshev E.G., Koval V.S., Afonnikov D.A., Salina E.A. Plants, 2024, т. 13, № 10, с. 1309
|
|
| AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
|
|
| A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel INT J MOL SCI, 2024, 25(9): 4613
|
|
| Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data Vladimir V. Raditsa, Anton V. Tsukanov, Anton G. Bogomolov, Victor G. Levitsky NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6(3), lqae090
|
|
| 2023 | Antitumor efficacy of multi-target in situ vaccinations with CpG oligodeoxynucleotides, anti-OX40, anti-PD1 antibodies, and aptamers Proskurina AS, Ruzanova VS, Ritter GS, Efremov YR, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Fokina AA, Zatsepin TS, Stetsenko DA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS J Biomed Res, 2023
|
| The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):819-825
|
|
| Small world of the miRNA science
drives its publication dynamics A.B. Firsov, I.I. Titov Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 2022;26(8):826-829
|
|
| Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
|
|
| Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli. Akberdin I.R.; Kozlov K.N.; Kazantsev F.V.; Fadeev S.I.; Likhoshvai V.A.; Khlebodarova T.M. INT J MOL SCI, 2023, 24(5), 4806
|
|
| Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
|
|
| Лабораторные информационные системы для управления исследовательскими работами в биологии А.М. Мухин, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023
|
|
| Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2023;9(4):185-191. DOI 10.18699/LettersVJ-2023-9-21
|
|
| State-of the-art in constraint-based modeling of microbial metabolism: from basics to context-specific models with a focus on methanotrophs Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R Microorganisms, 2023, 11(12) 2987
|
|
| Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
|
|
| Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):829-838
|
|
| Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus Korenskaia A.Y., Matushkin Y.G., Mustafin Z.S., Lashin S.A., Klimenko A.I. Biology, 2023, 12(10):1338
|
|
| 2022 | ICBrainDB: An Integrated Database for Finding Associations between Genetic Factors and EEG Markers of
Depressive Disorders Роман Иванов; Федор Казанцев; Евгений Заварзин; Александра Клименко; Наталья Милахина; Юрий Матушкин; Александр Савостьянов; Сергей Лашин. J. Pers. Med, 2022, 12(1), 53
|
| Abnormal mTOR Activity in Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric and MIA-Associated Autism Spectrum Disorders Ekaterina A. Trifonova, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2022, 23, 967
|
|
| Agent‐Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population Georgii P. Romanov , Anna A. Smirnova , Vladimir I. Zamyatin, Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Vera G. Pshennikova, Fedor M. Teryutin, Aisen V. Solovyev, Sardana A. Fedorova, Olga L. Posukh, Sergey A. Lashin and Nikolay A. Barashkov Biology, 2022, Biology 2022, 11, 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257
|
|
| Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin Mathematics, 2022
|
|
| 2021 | Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):39-45
|
| Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека З. С. Мустафин, С. А. Лашин, Ю. Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):46-56
|
|
| Технологии поиска и исследования
потенциально осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
|
|
| The finding and researching algorithm for potentially oscillating enzymatic systems T.N. Lakhova, F.V. Kazantsev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(3):318-330
|
|
| Do Autism Spectrum and Autoimmune Disorders Share Predisposition Gene Signature Due to mTOR Signaling Pathway Controlling Expression? Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2021, 22(10), 5248
|
|
| The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin, Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, Sergey A. Lashin Lect Notes Comput Sci, 2021
|
|
| A Modular Mathematical Model of Exercise-Induced Changes in Metabolism, Signaling, and Gene Expression in Human Skeletal Muscle Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov, D.V., Kolpakov F.A. INT J MOL SCI, 2021, 22(19), 10353
|
|
| ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Fedor Kazantsev INT J PSYCHOPHYSIOL, 2021, Volume 168, Supplement, October 2021, Page S11
|
|
| Mutation hotspots of SARS-CoV-2 RNA motifs
conserved in betacoronaviruses N.S. Kobalo, A.I. Kulikov, I.I. Titov JPCS, 2021, 2099 (2021) 012037
|
|
| Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
|
|
| 2020 | Integrated Modular Model Linking Metabolism, Signaling Transduction and Gene Expression Regulation in Human Skeletal Muscle I.R. Akberdin, I.N. Kiselev, S.S. Pintus, A.Yu. Vertyshev, P.A. Makhnovskii, D.V. Popov, F.A. Kolpakov CEUR workshop proceedings, 2020, http://ceur-ws.org/Vol-2569/short1.pdf
|
| Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин Генетика, 2020, том 56, № 2, с. 234–246
|
|
| Влияние структуры микроРНК животных на их биогенез П.С. Ворожейкин, И.И. Титов Генетика, 2020, т. 56, № 1, стр. 21-34
|
|
| Математическая модель, связывающая Ca2+-зависимый сигнальный путь с регуляцией экспрессии генов в клетках скелетной мышцы человека Акбердин И.Р., Вертышев А.Ю., Пинтус С.С., Попов Д.В., Колпаков Ф.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2020, Т. 15. № 1. С. 20–39, https://www.matbio.org/2020/Akberdin_15_20.pdf
|
|
| A Genome-Scale Metabolic Model of 2,3-Butanediol Production by Thermophilic Bacteria Geobacillus icigianus Kulyashov M., Peltek S.E., Akberdin I.R. Microorganisms, 2020, 8(7), 1002
|
|
| The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. Plants, 2020, 9(9), 1092
|
|
| How miRNA Structure of Animals Influences Their Biogenesis P. S. Vorozheykin, I. I. Titov RUSS J GENET+, 2020, volume 56, pages 1012–1024 (2020)
|
|
| Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
|
|
| 2019 | MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin BMC BIOINFORMATICS, 2019, BMC Bioinformatics 2019, 20 (Suppl 1):36
|
| SNPs associated with barley resistance to isolates of Pyrenophora teres f. teres Irina V. Rozanova, Nina M. Lashina, Zakhar S. Mustafin, Sofia A. Gorobets, Vadim M. Efimov, Olga S. Afanasenko, Elena K. Khlestkina BMC GENOMICS, 2019, 20 (Suppl 3) :292
|
|
| Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739
|
|
| Muconic acid production from methane using rationally-engineered methanotrophic biocatalysts Calvin A. Henard, Ilya R. Akberdin, Marina G. Kalyuzhnaya, Michael T. Guarnieri GREEN CHEM, 2019
|
|
| A Bioinformatic Method For Identifying Group II Introns In Organella Genomes Igor Titov, Nikolay Kobalo, Denis Vorobyev, Alexander Kulikov Frontiers in Genetics, 2019, 10:1135.
|
|
| Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov Genes, 2019, Genes 2019, 10(12), 963
|
|
| The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov INT J MOL SCI, 2019, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20(24), 6332;
|
|
| 2018 | MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2018, Vol.16, No.1(2018). https://doi.org/10.1142/S0219720017400108
|
| Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z R: a systems approach Ilya R. Akberdin, Merlin Thompson, Richard Hamilton, Nalini Desai, Danny Alexander, Calvin A. Henard, Michael T. Guarnieri, Marina G. Kalyuzhnaya SCI REP-UK, 2018, Scientific Reportsvolume 8, Article number: 2512 (2018) doi:10.1038/s41598-018-20574-z
|
|
| Comparing miRNA structure of mirtrons
and non-mirtrons Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):114
|
|
| Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis. Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. PloS One, 2018, 13(3)
|
|
| Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22 (2):279284
|
|
| Marital structure, genetic fitness, and the GJB2 gene mutations among deaf people in Yakutia (Eastern Siberia, Russia). Romanov G.P., Barashkov N.A, Teryutin F.M., Lashin S.A., Solovyev A.V., Pshennikova V.G., Bondar A.A., Morozov I.V., Sazonov N.N., Tomsky M.I., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A. RUSS J GENET+, 2018, 54 (5): 554-561.
|
|
| Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
|
|
| Rare Earth Elements Alter Redox Balance in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR Ilya Akberdin David Collins Richard Hamilton Dmitry Y. Oshchepkov Anil Shukla Carrie Nicora Ernesta Nakayaku Joshua N. Adkins and Marina G. Kalyuzhanaya Frontiers in Microbiology, 2018, 9:2735
|
|
| Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”, 2018, Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e70.
|
|
| 2017 | Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov BMC BIOINFORMATICS, 2017, 18 (Suppl 1):28
|
| 2016 | Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X. BMC PLANT BIOL, 2016, 2016 Vol.16:262 DOI: 10.1186/s12870-016-0868-3
|
| 2015 | ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ Ворожейкин П.С., Титов И.И. Molecular Biology, 2015, т. 49, №5, с. 846-853
|
| Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor» Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A. BMC EVOL BIOL, 2015, 15 (Suppl 1):S3 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/15/S1/S3
|
|
| EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 335–339.
|
|
| Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I. R., Peltek S.E. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, 5(4), pp. 375–382, DOI: 10.1134/S2079059715040139
|
|
| Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5(6), pp. 672-678. DOI: 10.1134/S2079059715060040
|
|
| Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 2015;19(6):74-82. DOI 10.18699/VJ15.095
|
|
| 2014 | Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517
|
| 2013 | MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
|
| «Электронная клетка»: проблемы и перспективы. Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.С., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2013, 8(1), стр. 295-315.
|
|
| Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, №4/1, стр. 686-704
|
|
| 2012 | Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами. А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, No 2, Том 16, с. 348-358
|
| Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA. ANN BOT-LONDON, 2012, 110 (2): 349-360.
|
|
| Новые возможности системы MGSmodeller Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, том 16, № 4/1, октябрь 2012, с. 799-804
|
|
| 2010 | Компьютерный анализ словарных сетей Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ Проблемы информатики, 2010, № 3(7), 81-88
|
| New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, Gainova I.A., F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai, A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, 2010, World Scientific Publ., Singapore, pp. 563-569
|
|
| 2009 | Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. Сибирские электронные математические известия, 2009, Том VI, стр. 440-456
|
| Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
|
|
| Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186
|
|
| Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Том 13, №1, стр. 163-170
|
|
| 2007 | AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. BMC BIOINFORMATICS, 2007, 8(1):318
|
| 2006 | Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
|
| Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov BIOPHYSICS, 2006, N 7, V.51
|
|
| 2005 | Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. Информационный вестник ВОГИС, 2005, т.9, с.162-178
|
| 2003 | How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins Titov I.I., Palyanov A.Yu. BIOPHYSICS, 2003, 48 (Suppl. 1), 133
|
| 2002 | Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. RUSS CHEM B+, 2002, N7, c. 1047-1056
|
| 1998 | Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С. Doklady Akademii Nauk, 1998, 1, 363, 122-125
|
| 1997 | Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 1997, 4, 31, 726-732
|
| Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. Molecular Biology, 1997, Т. 31, №4, С. 741-748
|
Монографии
| 2021 | The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Mukhin A. M., Kazantsev F.V., Klimenko A.I., Lakhova T.N., Demenkov P.S., Lashin S.A.
|
| 2019 | Inter-country competition and collaboration in the miRNA science field A. Firsov, I.Titov
|
| Prediction of RNA secondary structure based on optimization in the space of its descriptors by the simulated annealing algorithm N. Kobalo, A. Kulikov, I. Titov
|
|
| 2008 | Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.
|
| Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новосибирск, 2008, Изд-во СО РАН. Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М.
|
|
| 2006 | Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006. Titov I., Vorobiev D., Palyanov A.
|
Конференции
| 2024 | Mathematical modeling of the
regulation of NCgl2816-lldD,
brnEF, vanABK and mtlTD
operons in Corynebacterium
glutamicum Lakhova T., Kazantsev F., Khlebodarova T., Matushkin Yu., Lashin S. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
| Поиск локусов и генов-кандидатов, ассоциированных с окраской и предуборочным прорастанием зерна у краснозерной озимой мягкой пшеницы Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Комышев Е.Г., Афонников Д.А., Салина Е.А. 7-я Международная конференция «Генофонд и селекция растений» (GPB 2024)
|
|
| Онтологический подход к анализу дифференциальной экспрессии генов на основе больших транскриптомных данных Ощепков Д.Ю., Чадаева И.В. , Кожемякина Р.В., Золотарева К., Хандаев Б., Шарыпова Е.Б., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Редина О.Е., Колосова Н.Г., Назаренко М., Колчанов Н.А., Маркель А.Л., Пономаренко М.П. Международный Конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию российской науки и высшей школы»
|
|
| A software package to assess the metabolic potential of mutant strains of the Corynebacterium glutamicum Kazantsev F.V., Trofimova M.F., Sheremetieva M.E., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
|
| Software package for analysis of regulatory circuits of bacterial metabolic pathways by mathematical modeling methods Kazantsev F.V., Lakhova T.N., Khlebodarova T.M., Matushkin Yu.G., Lashin S.A 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
|
|
| FindTFnet: a tool for reconstruction of Arabidopsis
transcription factor networks from transcriptome data Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| 2023 | Методы математического и компьютерного моделирования в исследование метаболизма L-аминокислот бактерии C. glutamicum Казанцев Ф.В., Трофимова М.Ф., Клименко А.И., Лашин С.А. IX Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов»
|
| Study of grain shape, color and pre-harvest sprouting in population of winter bread wheat cultivated in Russia Afonnikova S.D., Kiseleva A.A., Fedyaeva A.V., Afonnikov D.A., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
|
|
| The study of the influence of various factors on the germination index in the collection of soft winter wheat (Triticum aestivum L.) Fedyaeva A.V., Afonnikova S.D., Afonnikov D.A., Deeva V.N., Pryanishnikov A.I., Salina E.A. 7th International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology" (PlantGen 2023)
|
|
| Исследование метаболизма L-аминокислот бактерией Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования Трофимова Мария Федоровна Всероссийская молодежная научная Школа-конференция «Генетические технологии в исследовании природных соединений»
|
|
| Изучение метаболизма метанотрофных бактерий на основе анализа омиксных данных и потокового моделирования. Акбердин И.Р. , Куляшов М.А., Колмыков С.К., Гамильтон Р., Хлебодарова Т. М., Калюжная М. Г. 4-ый Российский Микробиологический Конгресс
|
|
| Предсказание потенциальных транскрипционных факторов и их генов-мишеней у метанотрофных бактерий Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR на основе массового анализа транскриптомных данных Колмыков С.К., Куляшов М.А., Гамильтон Р., Хлебодарова Т.М., Калюжная М.Г., Акбердин И.Р. 4-ый Российский Микробиологический Конгресс
|
|
| Perspectives of transcriptomics data integration into a metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR Akberdin I.R., Kulyashov M., Kolmykov S., Hamilton R., Khlebodarova T.M., Kalyuzhnaya M.G. Онлайн-семинар с международным участием «Перспективы редактирования геномов и метаболического моделирования метанотрофных бактерий»
|
|
| ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ АССОЦИАЦИЙ ПРИЗНАКОВ ПРЕДУБОРОЧНОГО ПРОРАСТАНИЯ И ЦВЕТА ЗЕРНА У ОЗИМОЙ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Афонникова С.Д., Киселёва А.А., Федяева А.В., Афонников Д.А., Салина Е.А. Международный форум природоподобных технологий. Курчатовский геномный форум 2023. II международная молодежная конференция "Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве"
|
|
| 2022 | МЕТОД ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ БАКТЕРИЙ НА ОСНОВЕ ГЕНОМНОЙ ИНФОРМАЦИИ Т.Н. Лахова, Ф.В. Казанцев, А.М. Мухин, Д.Ю. Ощепков, С.А. Лашин Актуальные аспекты современной микробиологии: XIII молодежная школа-конференция с международным участием
|
| Impact of negative feedbacks on de novo pyrimidines
biosynthesis in E. coli Khlebodarova T.M., Akberdin I.R., Kozlov K.N., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Reconstruction of mathematical frame models of bacterial
transcription regulation based on transcriptional regulatory
networks Lakhova T., Kazantsev F., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| On organizing a software platform for seeking
biotechnologically important features in bacteria Lashin S., Demenkov P., Ivanisenko V., Kazantsev F., Mukhin A., Kolchanov N BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Data lake platform of the bacterial strain properties
for microbiology Mukhin A., Demenkov P., Kazantsev F., Lakhova T., Klimenko A., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Evolutionary analysis of gene networks with Orthoweb software Mustafin Z., Mukhin A., Anikin D., Kazantsev F., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Finding the ways for potential increasing of L-valine
biosynthesis yield in C. glutamicum with mathematical modeling Kazantsev F., Klimenko A., Kropochev A., Trofimova M., Lashin S BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Genetic markers and neurophysiological correlates
of the psychological personality traits among people
from different regions of Siberia Savostyanov A., Tamozhnikov S., Karpova A., Kavai-Ool U., Ivanov A., Kazantsev F., Klimenko A., Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Phylostratigraphic analysis of human cancers
transcriptomic data Ivanov R. Mustafin Z. Lashin S. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference on “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Computer annotation of plant protein sequences
based on sequence similarity and orthology Malyugin E., Mustafin Z., Pronozin A., Genaev M., Afonnikov D. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Functional and evolutionary characteristics of the gene network
controlling appetite in mice: lessons from knockout or
knockdown animals Ignatieva E.V., Mustafin Z.S., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Large scale analysis of the crop transcriptomic data:
analysis of out of the reference transcripts Afonnikov D.A., Genaev M.A., Shmakov N.A., Mustafin Z.S., Mukhin A.M., Lashin S.A. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| 2021 | ICBrainDB: Database With EEG Activity and Associated Gene Mutations Kazantsev F.V., Ivanov R.A., Klimenko A.I., Zavarzin E.A., Saprigyn A.E., Lashin S.A. The 20th World Congress of Psychophysiology (IOP2021) . Chengdu, China, Online (September 7-11, 2021)
|
| ICBrainDB: database with EEG activity and associated gene mutations Иванов Роман Артемович Казанцев Федор Владимирович 13 Международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2021
|
|
| Филотранскриптомный анализ генных сетей сахарного диабета 2 типа МАРТЮШЕВА Т.А., МУСТАФИН З.С., КЛИМОНТОВ В.В., ЛАШИН С.А. САХАРНЫЙ ДИАБЕТ-2021: ОТ МОНИТОРИНГА К УПРАВЛЕНИЮ
|
|
| The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains Aleksey M. Mukhin , Fedor V. Kazantsev, Alexandra I. Klimenko, Tatiana N. Lakhova, Pavel S. Demenkov, and Sergey A. Lashin International Conference on Parallel Computing Technologies
|
|
| EFFECT OF MUTATIONS IN THE REGULATORY REGION OF OPERON ILVBNC ON EXPRESSION OF OPERON GENES, ACTIVITY OF THE ENZYME AHAS AND PRODUCTION OF L-VALINE IN CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM STRAINS Ryabchenko L.E., Leonova T.E., Kalinina T.I., Gerasimova T.V., Titov I.I., Yanenko A.S. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
|
|
| 2020 | MGSGenerator 1.5: software tool for reconstructing mathematical models of metabolic networks F.V. Kazantsev, S.A. Lashin BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
| The algorithm for finding potentially oscillating behavior in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V, Matushkin Yu.G., Lashin S.A. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Computer tools for modelling and prediction of natural RNA structure: a case study of miRNAs and group II introns Titov I.I. BGRS 2020
|
|
| Searching for Alternatively Splicing Group II Introns. Nikolay Kobalo, Igor Titov, Alexander Kulikov, Denis Vorobyev Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.164. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000
|
|
| Errors in miRNA Recognition Pavel Vorozheykin, Igor Titov Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.195. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000
|
|
| Competition and collaboration in the miRNA science field Artemiy Firsov, Igor Titov Abstracts of BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) pp.26-27. DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-000
|
|
| OrthoWeb-web application for macroand microevolutionary analysis of genes Mustafin Z., Mukhin A., Afonnikov D., Matushkin Y., Lashin S BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| MGSGenerator 1.5: инструментарий для реконструкции математических моделей метаболических сетей Казанцев Ф.В., Лашин С.А SBB-2020
|
|
| Gene network of type 2 diabetes: reconstruction of analysis Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Y., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S. BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. 2020.
|
|
| Functional annotation of the transcription factors from Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR. Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
|
|
| Integration of transcriptomics data into a genome-scale metabolic model of the methanotrophic bacterium Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20ZR. Kolmykov S.K., Kulyashov M., Ivanisenko N.V., Evshin I.S., Khlebodarova T.M., Akberdin I.R. 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (BGRS/SB-2020)
|
|
| 2019 | Математическое и компьютерное моделирование осциллирующих ферментативных систем Т.Н. Лахова, Ф. В. Казанцев, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики
|
| The mathematical modeling of oscillations in enzymatic systems Lakhova T.N., Kazantsev F.V., Lashin S.A. 11th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB-2019
|
|
| MIGREW database: typical use cases Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 5th International Scientific Conference “Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (PlantGen2019)
|
|
| Реконструкция и анализ генной сети сахарного диабета 2 типа Замятин В.И., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Климонтов В.В., Лашин С.А. III Российская мультидисциплинарная конференция с международным участием "Сахарный диабет-2019: от мониторинга к управлению"
|
|
| Поиск и исследование потенциально осциллирующих ферментативных систем с помощью методов математического моделирования Лахова Т. Н., Казанцев Ф. В. 57-ая Международная научная студенческая конференция (МНСК-2019)
|
|
| Inter-country competition and collaboration in the miRNA science field A. Firsov, I. Titov A.P. Ershov Informatics Conference
|
|
| Prediction of RNA secondary structure based on optimization in the space of its descriptors by the simulated annealing algorithm N. Kobalo, A. Kulikov, I. Titov A.P. Ershov Informatics Conference
|
|
| Реконструкция структуры эукариотических мобильных интронов группы 2 Кобало Н. С., Воробьёв Д. Г., Куликов А. И., Титов И. И Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики
|
|
| Методы компьютерного моделирования иерархических биологических систем Лашин С. А., Матушкин Ю. Г., Клименко А. И., Казанцев Ф. В., Лахова Т. Н., Смирнова А. А. «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-2019)
|
|
| What can we learn about stress-induced root growth by mathematical modeling of auxin distribution? Savina M.S., Kazantsev F.V., MironovaV.V. Plant Organ Growth Symposium 2019
|
|
| Эволюционный анализ генных сетей абиотического стресса растений Лашин С.А., Мустафин З.С., Замятин В.И., Константинов Д.К., Дорошков А.В., Афонников Д.А. VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы
|
|
| Gene networks of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis Zamyatin V., Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V., Lashin S.A. The 11th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
|
|
| 2018 | Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018” В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ
|
| Системная компьютерная биология и биоинформатика: моделирование и компьютерный дизайн экспериментов по созданию штаммов с целевыми свойствами Колчанов Н.А., Пельтек С.Е., Розанов А.С., Лашин С.А. Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике
|
|
| Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (MIGREW) Kazantsev F.V., Skolotneva E.S., Salina E.A., Lashin S.A. 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
|
|
| Insight into genetic and social aspects of modern communities of deaf people in Siberia for forecasting the prevalence of hereditary deafness. Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Romanov G.P., Barashkov N.A., Smirnova A.A., Zytsar M.V., Maslova E.A., Danilchenko V.Y., Posukh O.V., Lashin S.A. The European Human Genetics Conference in conjunction with the European Meeting on Psychosocial Aspects of Genetics.
|
|
| Agent-based modelling of genetic deafness propagation under various sociodemographic conditions. Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Smirnova A.A., Romanov G.P., Posukh O.L. 11th International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology», The 3rd International Symposium Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018
|
|
| Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis. Zamyatin V.I., Mustafin Z.S., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Posukh O.L., Lashin S.A. The Tenth International Young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018).
|
|
| Adaptive strategies of motile bacteria in dynamic aquatic ecosystems. A simulation study. A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018
|
|
| On evolutionary analysis of gene networks by the Orthoscape software Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin BGRS 2018
|
|
| Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy
metabolism disorders S.A. Lashin, Z.S. Mustafin, V.A. Manevich, D.A. Afonnikov, E.V. Ignatieva, Yu.G. Matushkin, V.V. Klimontov BGRS\SB-2018 The 11th International Conference Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2018 Symposium
|
|
| Spatial heterogeneity influences evolutionary scenarios in microbial communities explained by ecological stratification: a simulation study A.I. Klimenko,Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
|
|
| Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
|
|
| Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
|
|
| Evolutionary analysis and mathematical modeling of gene networks of energy metabolism disorders Lashin S.A., Mustafin Z.S., Manevich V.A., Afonnikov D.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Klimontov V.V. Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium
|
|
| MiRNA seed shifting: origin and functional implications. P. Vorozheykin, N. Yazikov, I. Titov BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018)
|
|
| Mirtrons as a possible inherent source of silencing variability P.S. Vorozheykin, I.I. Titov Biodiversity: Genomics and Evolution (BioGenEvo-2018)
|
|
| Revealing the research institutes and their interactions:
a case study of miRNA research A. Firsov, I. Titov Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
|
|
| Программные средства для построения и анализа сложных моделей микробного метаболизма и микробных сообществ Лашин С.А, Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Афонников Д.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А. Школа-конференция «Генетика микроорганизмов: от геномики к биоэкономике»
|
|
| Программные средства для комплексного анализа генных сетей С.А. Лашин, З.С. Мустафин, В.И. Замятин, Д.А. Афонников, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов V Международная конференция. «Постгеном 2018». В поисках моделей персонализированной медицины
|
|
| 2017 | О компьютерном моделировании иерархических биологических систем Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Математика в современном мире. Международная конференция, посвящённая 60-летию Института математики им. С.Л. Соболева
|
| Пространственная гетерогенность способствует локальному поддержанию антагонистических эволюционных сценариев в моделях микробных сообществ А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Фаговая инфекция замедляет видообразование, вызванное горизонтальным переносом и потерей генов метаболизма в моделях пространственно гетерогенных микробных сообществ Ю.Г. Матушкин, А.И. Клименко, Н.А. Колчанов, С.А. Лашин БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Достижение пика приспособленности при сложных ландшафтах в микробных сообществах в различных экологических условиях: результаты компьютерного моделирования С.А. Лашин, З.С. Мустафин, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Regulatory circuits in gene networks: organization and evolution Колчанов Н.А., Лашин С.А. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
|
| Comparing mirna structure of mirtrons and non-mirtrons I.I. Titov, P.S. Vorozheykin BELYAEV CONFERENCE
|
|
| ЭВОЛЮЦИОННО УСТОЙЧИВЫЕ СТЕРЕОТИПЫ ПОВЕДЕНИЯ ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫХ АГЕНТОВ ПРИ УСЛОВИИ НЕПОЛНОТЫ ЗНАНИЙ В МОДЕЛИ ФУРАЖИРОВАНИЯ ДОНСКИХ В.А., СТОЛБОВ Н.С., ТИТОВ И.И. Международной конференции, посвященной 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева.
|
|
| 2016 | Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BGRS/SB’16, Novosibirsk
|
| 2015 | Комплексные модели микробных сообществ Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г. Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»
|
| Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G. EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”
|
|
| Экспериментально-компьютерная инженерия метаболических путей при создании суперпродуцентов бактерий и дрожжей Акбердин И.Р., Котенко А.В., Розанов А.С., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е. VIII Московский международный конгресс "БИОТЕХНОЛОГИЯ:СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ"
|
|
| Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А. VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
|
|
| A module for integrating SBML-written mathematical models into the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Chekantsev A.D., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
|
|
| High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities Mustafin Z.S., Lashin S.A. The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”
|
|
| High-performance computations support for the software package «Haploid Evolutionary Constructor» Zudin R.K., Lashin S.A. The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15
|
|
| Многомерная модель голосования для описания динамики социальной группы Титов И.И., Колчанов Н.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
|
|
| Эволюция медико-биологического сообщества Новосибирского Научного Центра Титов И.И., Блинов А.А. Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)
|
|
| ЯЗЫК СПЕЦИФИКАЦИИ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ГЕННЫХ СЕТЕЙ Казанцев Ф.В. XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Перспективы развития фундаментальных наук»
|
|
| The compensatory mechanism providing for auxin transport in pin mutants of Arabidopsis thaliana L Vasilina Kovrizhnykh, Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak. Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology
|
|
| 2014 | The tool to study plant hormone auxin distribution in the plant root F. Kazantsev, V. V. Mironova ECMTB 2014
|
| Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А. 18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века"
|
|
| Computation modeling of vascular patterning in plant roots ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
|
|
| Кинетическое моделирование метаболических путей в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Шестой съезд ВОГиС
|
|
| Kinetic modeling of pyrimidine biosynthesis is a first step to in silico bacterial cell Akberdin I.R., Ermak T.V., Kazantsev F.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| GENE NETWORKS MODELING: SPECIFICATION LANGUAGE Kazantsev F.V.,Akberdin I.R., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)
|
|
| How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
|
|
| 2013 | Математические модели метаболических процессов в бактериальной клетке Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Методы создания, исследования и идентификации математических моделей
|
| Analysis of images obtained by FISH with chromosome‐derived DNA probes without suppression of repetitive DNA hybridization A.G. Bogomolov, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov 19th International Chromosome Conference
|
|
| Mathematical modeling of gene network dynamics in E. coli I. Akberdin, F. Kazantsev, T. Ermak, V. Timonov, T. M. Khlebodarova, V. A. Likhoshvai 38-ой Конгресс FEBS
|
|
| The mathematical model of auxin distribution in the plant root meristem Kazantsev F.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A. Regional Interdisciplinary Conference – Humboldt Kolleg «Magnetic resonance as a tool for interdisciplinary research»
|
|
| MGSmodelsDB – a new database on mathematical models of biomolecular systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, V.V. Timonov, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai BREW 2013: Bioinformatics Research and Education Workshop
|
|
| Toad grasshoppers (Pamphagidae, Orthoptera) as a new model of sex chromosome evolution. Jetybayev I.E., Bugrov A.G., Bogomolov A.G, RubtsovN.B. 19th International Chromosome Conference
|
|
| 2012 | Компьютерное моделирование динамики функционирования молекулярно-генетических систем E.coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В, Ри Н.А., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Четвертая международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»
|
| Modeling and analysis of dynamics of the gene networks: automatic generation and storage in a new database Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Ree N.A., Timonov V.S., Oshchepkova E.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A. Международный симпозиум "Syspatho-Системная биология и медицина"
|
|
| Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)
|
|
| Язык моделирования молекулярно-генетических систем SiBML Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова, Е.С. Новоселова, Н.Л. Подколодный, В.А. Лихошвай "Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2012"
|
|
| HIGH PERFORMANCE COMPUTING WITH MGSMODELLER Kazantsev F.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Podkolodnyy N.L., Likhoshvai V.A. The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| Fluorescence in situ hybridization with chromosome-derived DNA probes on Opisthorchis felineus and Metorchis xanthosomus chromosomes without suppression of repetitive DNA sequences. A.G. Bogomolov, K.S. Zadesenets, T.V. Karamysheva, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov IV международная Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"
|
|
| Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells Новоселова ЕС., Миронова ВВ, Казанцев ФВ, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’12)
|
|
| Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки сосудистых клеток корня Новоселова ЕС, Миронова ВВ, Омельянчук НА, Казанцев ФВ, Лихошвай ВА II(X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге
|
|
| 2011 | Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»
|
| MGSMODELSDB – Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Тимонов В.С., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»
|
|
| Automatic generation of mathematical models of molecular-genetic systems Akberdin I., Kazantsev F., Ree M., Ree N., Timonov V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2011)
|
|
| Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"
|
|
| The visual reconstruction and analysis of biomolecular systems: The GeneNet software in 2011 Vladimir Timonov, Fedor Kazantsev, Konstantin Gunbin, Ilya Akberdin, Pavel Demenkov, Elena Ananko, Nikolay Podkolodny, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation
|
|
| MGSmodelsDB – web-ресурс для накопления математических моделей элементарных подсистем молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
|
|
| Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре корня A. Thaliana Новоселова Е.С., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
|
|
| A plausible mechanism for the root apical meristem patterning. V.V. Mironova, E.S. Novoselova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Conference on Structure and Function of Roots
|
|
| Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells specification E.S. Novoselova, V.V. Mironova, S.S. Sangaev, F.V. Kazantsev, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai 7th International Symposium on Structure and Function of Roots
|
|
| Программный пакет GENENETSTUDIO: визуальное моделирование сетевых моделей биомолекулярных систем. Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Подколодный Н.Л. Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»
|
|
| Разработка программного обеспечения микроскопического анализа биологических объектов. Богомолов А.Г., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная биология”
|
|
| 2010 | Automatic generation and numerical analysis of mathematical models for molecular-genetic objects in an integrated system of MGS-generator and STEP+ modules I.R. Akberdin,F.V. Kazantsev, V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, V.K. Korolev, A.E. Medvedev. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
|
| MGSmodelsDB – the database for storing mathematical models of molecular genetic systems F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, M.T. Ree, N.A. Ree, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня
|
|
| New computer technologies for construction and numerical analysis of mathematical models of molecular genetic systems I.R. Akberdin, S.I. Fadeev, I.A. Gainova, F.V. Kazantsev, V.K. Korolev, V.A. Likhoshvai and A.E. Medvedev Progress in Analysis and its Applications, Proc.of the 7th ISAAC Congress, World Scientific Publ., Singapore
|
|
| Development of shoot apical meristem in silico under phytohormones regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev, I.A. Gainova,V.A. Likhoshvai The Joint Russian-French Workshop "Genomics, Bioinformatics and Life Science Modeling"
|
|
| Математическое моделирование развития меристемы побега на различных иерархических уровнях Гайнова И.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Королев В.К., Медведев А.Е. Всероссийская конференция (с международным участием) "Математические модели и информационные технологии в сельскохозяйственной биологии: итоги и перспективы", Санкт-Петербург, 14–15 октября, 2010
|
|
| Development of shoot apical meristem in silico under phytohormone regulation I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai Международная конференция Plantgen, Новосибирск, Россия, 7-10 июня, 2010
|
|
| Structure and Evolution of Stochastic Networks: a case study of text networks Титов ИИ, Рудниченко КА, Куликов АИ Международная конференция Стохастические модели в биологии и предельные алгебры, 2—7 августа 2010, Омск, Россия.
|
|
| Science structural inference Titov I., Rudnichenko K., Fursov F., Krutov P., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
|
|
| Evidence of negative selection against miRNA expansion over human genome Titov I., Vorozheikin S., Kulikov A. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
|
|
| 3D-modelling of RNA structure Titov I.I., Barsov K., Kulikov A.I. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27
|
|
| Computer analysis of stress response network E.coli. Stepanenko I.L., Titov I.I. Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)
|
|
| Computer support system development for biological objects research in microscopy A.G. Bogomolov, N.L. Podkolodnyy, N.B. Rubtsov BGRS/SB’10, Novosibirsk
|
|
| 2009 | Mathematical modeling of a plant development on the different levels Akberdin I.R., Kazantsev F.V., Fadeev S.I., Gainova I.A., Likhoshvai V.A. 3 rd Annual World Congress of Gene-2009, Foshan, China, December 1-7
|
| Моделирование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений И.Р. Акбердин, Ф.В. Казанцев, В.А. Лихошвай 5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.
|
|
| Network biology Titov II International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
|
|
| Lattice proteins: the landscape veiw on protein folding Titov II The 3d Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2009, March 25 - May 24, 2009
|
|
| Анализ изображений биологических объектов Богомолов А.Г. XLVII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК-47) г.Новосибирск, 11 – 15 апреля 2009 г.
|
|
| Интегрированная компьютерная система для построения и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем И.Р.Акбердин, Ф.В.Казанцев, В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, И.А.Гайнова, В.К.Королев, А.Е.Медведев Всероссийская конференция по вычислительной математике КВМ-2009, Академгородок, Новосибирск, Россия, 23-25 июня 2009
|
|
| Mathematical model of the auxin metabolism in shoots if Arabidopsis thaliana L. I.R. Akberdin, F.V. Kazantsev, S.I. Fadeev., I.A. Gainova, V.A. Likhoshvai. Российско-германский форум по биотехнологии, Новосибирск, 15-19 июня 2009 года
|
|
| New computer technologies for the construction and numerical analysis of mathematical models for molecular genetic systems I.A.Gainova, I.R Akberdin, F.V.Kazantsev, V.A.Likhoshvai, S.I.Fadeev, V.K.Korolev, A.E.Medvedev Седьмой Международный Конгресс ISAAC, Лондон, Великобритания, 13 – 18 Июля, 2009
|
|
| Компьютерный дизайн искусственных РНК- и ДНК-структур Титов ИИ Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии Новосибирск, 10 - 14 июня
|
|
| Improved prediction of human miRNAs based on context-structural HMM Vorozheikin P., Kulikov A., Titov I. 4d Moscow Conf. On Computational Molecular Biology (MCCMB’09).
|
|
| 2008 | Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L. Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A. 2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008
|
| Nucleotide assymetry in structural RNAs: evidence of c-> u directional change in tRNAs Titov II 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия
|
|
| 2007 | Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
|
| Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем. Казанцев Ф.В., Ратушный А.В. 45 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 10-12)
|
|
| RNA secondary structure: from physico-chemistry to computer prediction Titov I.I. The 2nd Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2007, 20th June-1st, September 2007
|
|
| Sequence-structural characteristics of human miRNAs Titov II, Vorozheikin PS, Ivanisenko AYu, Kulikov AI 3d Moscow Conf. on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)
|
|
| 2006 | Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA. 3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia
|
| Программный комплекс для конструирования математических моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. 44 международная студенческая конференция, Новосибирск, Россия, (Апрель 13-14)
|
|
| MGSmodeller - компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем Казанцев Ф.В. , Подколодная Н.Н., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Крокус И.В., Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. 7 Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Красноярск, Россия, (Ноябрь 1-3)
|
|
| RNA secondary structure and function Titov I.I. The 1st Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2006, 8th May-8th, July 2006.
|
|
| The GArna toolbox for RNA structure analysis: the 2006 state of the art Titov II 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)
|
|
| A model of the translational inhibition by miRISC complex describes protein synthesis variation induced by mutations in mammalian miRNA sites Titov II, Ivanisenko AYu 5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)
|
Гранты
| 2019 | 5-я Международная научная конференция «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» (PlantGen2019) РФФИ, номер гранта 19-04-20015
|
| 2018 | Исследование молекулярно-генетических механизмов формирования позиционной информации в апикальной меристеме корня Arabidopsis thaliana с использованием портретной математической модели Российский Фонд Фундаментальных Исследований, номер гранта 18-34-00485
|
| Изучение полиморфизма генов авирулентности возбудителя стеблевой ржавчины пшеницы Puccinia graminis f.sp. tritici РФФИ, номер гранта 17-29-08018
|
|
| 2017 | Изучение разнообразия генетического
контроля наследуемой потери слуха у
коренного населения Сибири и создание
специфичной панели генов для
персонифицированного ДНК-тестирования РФФИ, номер гранта 17-29-06016-офи_м
|
| 2015 | Оценка потенциальной роли социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха в регионах Сибири РФФИ, номер гранта 15-04-04860_а
|
| 2014 | Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Российский Научный Фонд, номер гранта РНФ 14-14-00734
|
| 2013 | The development of the method for image analysis of FISH performed with microdisstcted DNA-probes without suppression of repetitive DNA hybridization Carl Zeiss
|
| Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход РФФИ, номер гранта 12-04-33112-мол-а-вед
|
|
| Математическая биология гена РФФИ, номер гранта 13-01-00344 А
|
|
| 2012 | ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО-РАЗНОСТНЫЕ И ИНТЕГРОДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ. ПРИЛОЖЕНИЯ К ЗАДАЧАМ ЕСТЕСТВОЗНАНИЯ СО РАН, номер гранта 80
|
| Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ» Предизиум СО РАН, номер гранта № 130
|
|
| Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах» Президиум СО РАН, номер гранта №39
|
|
| 2011 | Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений РФФИ, номер гранта 11-04-01254а
|
| Проектирование и разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей Министерство образования и науки, номер гранта 07.514.11.4023
|
|
| 2010 | Симметрия и хаос в генных сетях РФФИ, номер гранта 10-01-00717
|
| 2009 | Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии Президиум СО РАН, номер гранта 107
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
|
|
| 2008 | Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
| Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.) Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
|
| 2006 | Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов СО РАН (интеграционный проект), номер гранта 49
|
| 2005 | Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков РФФИ, номер гранта 05-04-49141
|
| Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков РФФИ, номер гранта 05-04-49283
|
|
| 2004 | Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism CRDF, номер гранта CRDF Rup2-2629-NO-04
|
| 2002 | Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules INTAS, номер гранта INTAS-2001-02126
|
Научное руководство
| 2024 | Исследование регуляторных контуров метаболического пути L-Валина бактерии C. glutamicum методами математического моделирования Котельников Артемий Алексеевич 2024-06-15
|
| Исследование метаболизма аминокислот с разветвленной боковой цепью бактерии Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования Трофимова Мария Федоровна 2024-06-11
|
|
| 2023 | Поиск и анализ паттернов вторичной структуры РНК Шевелев Евгений Игоревич 01.04.02 Прикладная математика и информатика, 2023-06-14
|
| 2022 | Исследование метаболизма L-валина бактерии
Corynebacterium glutamicum методами математического моделирования Трофимова Мария Федоровна Биология, 2022-06-14
|
| 2020 | Моделирование ошибки конъюнкции на основе интеллектуальных агентов Серикова Дарья Витальевна Прикладная математика и информатика, 2020-06-07
|
| 2019 | Компьютерная идентификация авторов в базе данных научных публикаций по биологии и медицине Пудовкин Сергей Александрович Прикладная математика и информатика, 2019-06-06
|
| Компьютерный анализ использования образов в русской поэзии Лучко Лилия Георгиевна Прикладная математика и информатика, 2019-06-06
|
|
| Разработка программного комплекса Web-Mcot для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов Мухин Алексей Максимович Математическая биология, биоинформатика, 2019-06-01
|
|
| 2018 | Revealing the research institutes and their interactions: a case study of miRNA research Firsov Artemyi Borisovich Прикладная математика и информатика, 2018-06-08
|
| Поиск генетических последовательностей, удовлетворяющих ограничениям на вторичные структуры Кобало Николай Сергеевич Прикладная математика и информатика, 2018-06-08
|
|
| Компьютерная идентификация когнитивной структуры
интеллектуального агента Трушев Александр Игоревич Математика и компьютерные науки, 2018-06-07
|
|
| Компьютерное исследование возникновения новых миРНК посредством сдвига точек резания Язиков Никита Игоревич Математика и компьютерные науки, 2018-06-07
|
|
| Изучение метаболизма Geobacillus icigianus на основе метода потокового моделирования Куляшов Михаил Андреевич 2018-06-06
|
|
| 2017 | Математическое моделирование переходных состояний эмбриональных стволовых клеток с использованием современных данных полногеномного секвенирования РНК Бабич Михаил Диомидович 2017-06-05
|
| Исследование модели функционального состояния эмбриональных стволовых клеток методом продолжения решения по параметру Лескова Наталья Евгеньевна 2017-06-02
|
|
| 2016 | Разработка системы поддержки высокопроизводительных вычислений для программного комплекса “Гаплоидный эволюционный конструктор” Зудин Роман Константинович 2016-06-28
|
| Разработка программного модуля генерации математических моделей молекулярно-генетических систем для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор» Чеканцев Антон Дмитриевич 2016-06-28
|
|
| Математическое моделирование множественной регуляции биосинтеза ароматических аминокислот в клетке E. coli Цыганова Антонина Игоревна 2016-06-10
|
|
| Математическое моделирование регуляторных механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши Петрова Кристина Олеговна 2016-06-01
|
|
| 2011 | Разработка программного средства для статистического анализа генных сетей Маленков Станислав Игоревич , 2011-06-15
|
| Алгоритм редукции графов для расчета динамики генных сетей в рамках синхронной булевой модели Казанцев Антон Леонидович , 2011-06-07
|
|
| Численные расчеты динамики генных сетей на основе редукции графов в рамках синхронной булевой модели Сапожников Владислав Владимирович , 2011-06-07
|
|
| Анализ структуры словарных сетей, построенных по данным научных публикаций в области биологии и медицины Ковалёв Павел Васильевич , 2011-06-07
|
|
| 2010 | Разработка алгоритмов для оптимизации пространственных структур РНК Барсов Константин Александрович , 2010-06-28
|
| Создание модуля приведения размерностей параметров математических моделей молекулярно-генетических систем Ефремов А.М. Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, 2010-06-25
|
|
| Разработка программного средства для выявления временных трендов использования ключевых слов в научных публикациях Фурсов Федор Иванович , 2010-06-13
|
|
| Разработка программного средства для моделирования движения рибосом Залевский Артем Александрович , 2010-06-12
|
|
| Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2010-06-10
|
|
| Разработка программного средства для анализа структуры словарных сетей по данным научных публикаций Крутов Павел Викторович , 2010-06-08
|
|
| 2009 | Компьютерная система для аннотации геномов. Модуль анализа РНК Савичев Владимир Вячеславович , 2009-06-25
|
| Расчет динамики логических сетей на основе метода декомпозиции, адаптированного для графического процессора Иванченко Вадим Сергеевич , 2009-06-22
|
|
| Алгоритмы для оптимизации пространственных структур РНК Барсов Константин Александрович , 2009-06-20
|
|
| Создание модуля импорта данных для системы MGSgenerator Чебаков А.А. Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем, 2009-06-19
|
|
| ОРГАНИЗАЦИЯ ЧИСЛЕННЫХ РАСЧЕТОВ НА ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРАХ Кутумов Алексей Алексеевич , 2009-06-11
|
|
| Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки Пальянов Андрей Юрьевич Химическая физика, горение и взрыв, физика экстремальных состояний вещества, 2009-05-14
|
|
| 2008 | Алгоритмы поиска микроРНК в геномных последовательностях Ворожейкин Павел Сергеевич , 2008-06-24
|
| Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека Пономаренко Пётр Михайлович , 2008-06-18
|
|
| Разработка программных средств анализа малых РНК: поиск мишеней и расположение миРНК в геномных последовательностях Иванисенко Александр Юрьевич , 2008-06-10
|
|
| 2006 | Исследование структурного перехода в рамках модели "малого мира" генных сетей Вольф Анна Анатольевна , 2006-06-10
|
| Разработка программных средств дизайна малых РНК для подавления вируса гепатита С Иванисенко Александр Юрьевич , 2006-06-07
|
|
| Алгоритмы поиска сигналов в нуклеотидных последовательностях на основе скрытых марковских моделей Ворожейкин Павел Сергеевич , 2006-06-07
|
Учебные курсы
| 2021 | Эволюция сложных систем для ММФ ММФ НГУ, кафедра АЛГОРИТМЫ АНАЛИЗА БОЛЬШИХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ДАННЫХ, семестров: 1
|
| 2020 | Эволюция сложных систем НГУ, ФЕН, Информационная биология, семестров: 1
|
| 2017 | Введение в информационную биологию Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А. НГУ, ФЕН, биология, бакалавриат, 2 семестр, семестров: 1
|
| Эволюция сложных систем Cеместров: 1
|
|
| 2015 | Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология" НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
| 2010 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| 2009 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| 2008 | Эволюция сложных систем Титов И.И. КИБ, семестров: 1
|
| 2006 | Эволюция сложных систем Cеместров: 1
|
| 2004 | Эволюция сложных систем Cеместров: 1
|
| Генные сети НГУ, ФЕН, КИБ, семестров: 1
|
Патенты
| 2024 | Программа для расчёта филостратиграфических индексов (Ортовеб) / The program for calculating phylostratitgraphy indexes (Orthoweb) Лашин С.А., Мустафин З.С., Казанцев Ф.В., Мухин А.М., Иванов Р.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Номер патента 2024618826
|
| 2022 | База данных по аллельным полиморфизмам генов нейромедиаторных систем, показателям психологических тестов и параметрам электроэнцефалограмм (ЭЭГен) / Database of allelic polymorphisms of genes of neurotransmitter systems, indicators of psychological tests and parameters of electroencephalograms (ICBrainDB) Заварзин Е.А., Иванов Р.А., Казанцев Ф.В., Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Милахина Н.С., Савостьянов А.Н. Номер патента 2022623347
|
| Программа для автоматической реконструкции математических моделей регуляции генов микробов (МикроТранскриптМод) / The program for automatic reconstruction of mathematical models of microbial gene transcription regulation (MicroTranscriptMod) Казанцев Федор Владимирович, Лахова Татьяна Николаевна, Лашин Сергей Александрович Номер патента 2022660245
|
|
| 2021 | Биотехнологически значимые штаммы бактерий (МикроБиотех) / Biotechnologically significant strains of bacteria (MicroBiotech) Мухин А.М., Лахова Т.Н., Клименко А.И., Казанцев Ф.В., Деменков П.С., Лашин С.А. Номер патента 2021621155
|
| 2015 | Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb» Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И. Номер патента 2015662839
|
| Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC) Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А. Номер патента 2015662838
|
|
| Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)» Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К. Номер патента 2015662840
|
|
| 2014 | Программа для исследования кинетической модели биосинтеза молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus (Элси: Geobac) Акбердин И.Р., Нуриддинов М.А., Казанцев Ф.В., Пельтек С.Е. Номер патента 2014610722
|
| 2012 | База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В. Номер патента 2012620064
|
| 2011 | Программа визуализации и компиляции математических моделей генных сетей (МГСмодели) / Software tool for gene networks mathematical models view and compile (MGSmodelsDB) Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Насонов В.В., Тимонов В.С. Номер патента № 2011616329
|
| 2008 | Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В Номер патента №2008612820
|
| Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator) Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Номер патента №2008611941
|
|
© 2010-2024 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | |