 |
 |
|
Система учета научной деятельности (ASSA) |
|
|
|
 |
|
 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Сектор системной биологии морфогенеза растений (т.41)Лаборатория молекулярно-генетических систем (т.13)
Научные результаты Сотрудники О Подразделении 1. Основное направление фундаментальных и фундаментально-ориентированных исследований Исследование молекулярно-генетических механизмов регуляции развития растений. In silico/in vivo анализ гормональной регуляции развития корня A. thaliana.
2. Задачи, решаемые в настоящее время в рамках базового бюджетного проекта Задачи, решаемые в рамках бюджетного проекта (VI.61.1.2.):
3. При наличии прикладных результатов (что желательно) должен быть введен еще один раздел «Прикладные разработки». Прикладных разработок нет.
4. Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет Сектор был открыт в ноябре 2013 года как подразделение лаборатории молекулярно-генетических систем. До этого работы по данному направлению проводились в лаборатории, в том же составе. В экспериментально-компьютерной работе исследованы механизмы регенерации меристемы корня Arabidopsis thaliana после декапитации (Mironova et al., An Bot, 2012). В эксперименте мы заметили корреляцию между способностью меристемы корня (МК) к регенерации и величиной зоны проксимальной меристемы (ПМ), которая осталась в МК. Если после декапитации осталось более 80% ПМ, то МК регенерировала; если менее 80% но более 50%, то МК регенерировала, но через стадию каллусообразования. Если после декапитации осталось менее половины ПМ, то МК не регенерировала. В компьютерном эксперименте мы выявили механизм, объясняющий наблюдаемые при регенерации события. Система активного транспорта ауксина, максимум которого необходим для поддержания ниши стволовых клеток в МК, оказалась чувствительной к длине меристемы. При декапитации, уменьшение длины ПМ может приводить к полной потери максимума (<50%ПМ) или к колебаниям концентрации с несколькими максимумами концентрации (50% - 80%ПМ). При незначительном уменьшении ПМ, максимум ауксина может восстановиться без изменения морфологии корня.
Рисунок 1. Результаты in vivo и in silico экспериментов по регенерации меристемы корня A. thaliana. А. Схема in vivo эксперимента. B. Схема in silico эксперимента. C. Динамика активности DR5 при регенерации меристемы корня. D. Соответствие результатов in silico и in vivo экспериментов: изменение динамики DR5 и ауксина вдоль продольной оси корня. Е. Три типа динамики DR5 в кончике корня после декапитации в зависимости от размера ПМ в декапитированном кончике. Соответствие in vivo и in silico экспериментов предполагают важную роль транспортной системы, рассмотренной в модели, в процессе регенерации меристемы.
5. Задачи, планируемые на перспективу
Багаутдинова Зульфира Зиннуровна [младший научный сотрудник] Долгих Владислав Андреевич [младший научный сотрудник] Лавреха Виктория Вадимовна [научный сотрудник] Макарова Валентина Александровна [старший лаборант] Омельянчук Надежда Анатольевна [старший научный сотрудник] Осипова Ольга Николаевна [старший лаборант] Сидоренко Александра Дмитриевна [инженер] Бывшие сотрудникиКоврижных Василина ВладимировнаКузнецова Любовь Леонидовна Миронова Виктория Владимировна Выберите слайдером нужный промежуток, и список ниже будет содержать записи только нужного периода: 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 Публикации Монографии Конференции Гранты Научное руководство Учебные курсы Патенты
|
| 2024 | AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
|
| Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal
in Arabidopsis thaliana L. V. A. Cherenko, N. A. Omelyanchuk, E. V. Zemlyanskaya RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Vol. 71:51
|
|
| Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L. Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Долгих Владислав Андреевич, Сидоренко Александра Дмитриевна, Землянская Елена Васильевна Plants, 2024, 13(14), 1905
|
|
| PlantReg: реконструкция связей между регуляторными сетями транскрипционных факторов и контролируемыми ими признаками Лавреха Виктория Вадимовна Омельянчук Надежда Анатольевна Богомолов Антон Геннадьевич Землянская Елена Васильевна Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, №28 (8), с. 950-959
|
|
| Методы реконструкции генных регуляторных сетей на основе транскриптомных данных отдельных клеток. Вавиловский журнал генетики и селекции Рыбаков М.А., Омельянчук Н.А., Землянская Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(8):974-981
|
|
| Пограничные клетки корневого чехлика как регулятор ризосферной микробиоты Омельянчук Н.А., Черенко В.А., Землянская Е.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2024, 28(8):918-926
|
|
| Primary multistep phosphorelay activation comprises both cytokinin and abiotic stress responses: Insights from comparative analysis of Brassica type-A response regulators Mala K.L.N., Skalak J., Zemlyanskaya E., Dolgikh V., Jedlickova V., Robert H.S., Havlicková L., Panzarova K., Trtilek M., Bancroft I., Hejatko J. J EXP BOT, 2024, 75(20):6346-6368
|
|
| Cytokinins regulate spatially specific ethylene production to control root growth in Arabidopsis Yamoune A., Zdarska M., Depaepe T., Rudolfova A., Skalak J., Berendzen K.W., Mira-Rodado V., Fitz M., Pekarova B., Nicolas Mala K.L., Tarr P., Spackova E., Tomovicova L., Parizkova B., Franczyk A., Kovacova I., Dolgikh V., Zemlyanskaya E., Pernisova M., Novak O., Meyerowitz E., Harter K., Van Der Straeten D., Hejatko J. Plant Communications, 2024, 5(11):101013
|
|
| Особенности распределения цианобактериально-водорослевой флоры в пределах горной катены Пивоварова Ж.Ф., Багаутдинова З.З., Благодатнов А.Г. Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Естественные науки, 2024, №2 стр.48-60
|
|
| 2023 | DyCeModel: a tool for 1D simulation
for distribution of plant hormones controlling tissue patterning Азарова Дарья Сергеевна, Омельянчук Надежда Анатольевна, Миронова Виктория Владимировна, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):890-897
|
| InterTransViewer: сравнительное описание профилей дифференциальной экспрессии генов из разных экспериментов А.В. Тяпкин, В.В. Лавреха, Е.В. Убогоева, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Том 27, № 8, с. 1042-1052
|
|
| Регуляция экспрессии генов, или Что заставляет гены работать А.А. Маслакова, В.А. Долгих, Е.В. Землянская Природа, 2023, No10 (1298) ОКТЯБРЬ 2023, с. 13-18
|
|
| Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth Marketa Samalova, Alesia Melnikava, Kareem Elsayad, Alexis Peaucelle, Evelina Gahurova, Jaromir Gumulec, Ioannis Spyroglou, Elena V Zemlyanskaya, Elena V Ubogoeva, Darina Balkova, Martin Demko, Nicolas Blavet, Panagiotis Alexiou, Vladimir Benes, Gregory Mouille, Jan Hejatko PLANT PHYSIOL, 2023, 194(1):209-228
|
|
| 2022 | Salicylic Acid in Root Growth and Development Zulfira Z. Bagautdinova, Nadya Omelyanchuk, Aleksandr V. Tyapkin, Vasilina V. Kovrizhnykh, Viktoriya V. Lavrekha, Elena V. Zemlyanskaya INT J MOL SCI, 2022, volume 23, issue 4, 2228
|
| Transcriptomic Data Meta-Analysis Sheds Light on High Light Response in Arabidopsis thaliana L. Бобровских Александр Владимирович Зубаирова Ульяна Станиславовна Бондарь Евгения Ивановна Лавреха Виктория Вадимовна Дорошков Алексей Владимирович INT J MOL SCI, 2022, 23(8), 4455
|
|
| Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
|
|
| Web-MCOT server for motif co-occurrence search in ChIP-seq data Victor G. Levitsky, Alexey M. Mukhin, Dmitry Yu. Oshchepkov, Elena V. Zemlyanskaya, Sergey A. Lashin INT J MOL SCI, 2022, 23, 8981
|
|
| CisCross: A gene list enrichment analysis to predict upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha VV, Levitsky VG, Tsukanov AV, Bogomolov AG, Grigorovich DA, Omelyanchuk N, Ubogoeva EV, Zemlyanskaya EV, Mironova V Frontiers in Plant Science, 2022, 13:942710
|
|
| Молекулярные механизмы детерминации клеток
сосудистой системы корня Arabidopsis thaliana L. А.Д. Сидоренко, Н.А. Омельянчук, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(8):721-732
|
|
| Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
|
|
| 2021 | Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures Dongbo Shi, Virginie Jouannet, Javier Agustí, Verena Kaul, Victor Levitsky, Pablo Sanchez, Victoria V Mironova, Thomas Greb PLANT CELL, 2021, 33(2), 200–223
|
| Поиск участников сигнального пути ауксина к его транспортерам PIN на основе метаанализа транскриптомов, индуцированных ауксином В. В. Коврижных, З. С. Мустафин, З. З. Багаутдинова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):39-45
|
|
| Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova CURR OPIN PLANT BIOL, 2021, 63, 102058
|
|
| Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
|
|
| Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors P.S. Demenkov, Е.А. Oshchepkova, T.V. Ivanisenko, V.A. Ivanisenko Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 2021 Sep; 25(5): 580–592.
|
|
| Mechanisms of stress response in the root stem cell niche Elena V Ubogoeva, Elena V Zemlyanskaya, Jian Xu, Victoria Mironova J EXP BOT, 2021
|
|
| Meet your MAKR: the membrane-associated kinase regulator protein family in the regulation of plant development D.D. Novikova, A.L. Korosteleva,V. Mironova,Y. Jaillais FEBS J, 2021
|
|
| 2020 | 3D analysis of mitosis distribution pattern in the plant root tip with iRoCS Toolbox Lavrekha V.V., Pasternak T., Palme K., Mironova V.V. Plant Stem Cells - Methods and Protocols. Ed: Naseem N. and Dandekar T., 2020, volume 2094, p. 119-125
|
| PlantLayout – программное средство для моделирования распределения веществ в тканях различной структуры Савина М.С., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
|
|
| Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
|
|
| Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo Margot E. Smit, Cristina I. Llavata-Peris, Mark Roosjen, Henriette van Beijnum, Daria Novikova, Victor Levitsky, Iris Sevilem, Pawel Roszak, Daniel Slane, Gerd Jürgens, Victoria Mironova, Siobhan M. Brady, Dolf Weijers DEVELOPMENT, 2020, 147(8):dev186130
|
|
| Rocks in the auxin stream:
Wound induced auxin accumulation and ERF115 expression synergistically drive
stem cell regeneration Canher B., Heyman J., Savina M., Devendran A., Eekhout T., Vercauteren I., Prinsen E., Matosevich R., Xu J., Mironova V., De Veylder L. P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117(28):16667-16677
|
|
| metaRE R Package for Meta-Analysis of Transcriptome Data to Identify the
cis-Regulatory Code behind the Transcriptional Reprogramming Novikova D.D., Cherenkov P.A., Sizentsova Y.G., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(6): 634
|
|
| Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude
for Functional Gene Groups Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V. Genes, 2020, 11(4): 434
|
|
| Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023
|
|
| Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis Alejandra Freire-Rios, Keita Tanaka, Isidro Crespo, Elmar van der Wijk, Yana Sizentsova, Victor Levitsky, Simon Lindhoud, Mattia Fontana, Johannes Hohlbein, D. Roeland Boer, Victoria Mironova, and Dolf Weijers P NATL ACAD SCI USA, 2020, 117 (39) 24557-24566
|
|
| Cell Dynamics in WOX5-Overexpressing Root Tips: The Impact of Local Auxin Biosynthesis Maria S. Savina, Taras Pasternak, Nadya A. Omelyanchuk, Daria D. Novikova, Klaus Palme, Victoria V. Mironova, Viktoriya V. Lavrekha Frontiers in Plant Science, 2020, №11, p. 1529
|
|
| Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov INT J MOL SCI, 2020
|
|
| Памяти Виталия Александровича Лихошвая: уроки, беседы
и воспоминания М.С. Савина , Ф.В. Казанцев , К.Д. Безматерных, Д.Н. Штокало, В.В. Миронова, И.Р. Акбердин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2020, 2020, 6(4):193-198
|
|
| 2019 | Salicylic acid affects root meristem patterning via auxin distribution in a concentration-dependent manner Taras Pasternak, Edwin P Groot, Fedor Kazantsev, William Teale, Nadya Omelyanchuk, Vasilina Kovrizhnykh, Klaus Palme, Victoria V Mironova PLANT PHYSIOL, 2019, 180 (3), pp:1725-1739
|
| Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
|
|
| A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E., Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139
|
|
| Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
|
|
| A single-cell view of tissue regeneration in plants Mironova V. and Xu J. CURR OPIN PLANT BIOL, 2019, 52:149-154.
|
|
| Capturing auxin response factors syntax using DNA binding models Stigliani A, Martin-Arevalillo R, Lucas J, Bessy A, Vinos-Poyo T, Mironova V, Vernoux T, Dumas R, Parcy F MOL PLANT, 2019, 12(6):822-832
|
|
| Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors Dolgikh V.A., Pukhovaya E.M., Zemlyanskaya E.V. Frontiers in Plant Science, 2019, 10:1030
|
|
| 2018 | Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana Pavel Cherenkov, Daria Novikova, Nadya Omelyanchuk, Victor Levitsky, Ivo Grosse, Dolf Weijers, Victoria Mironova J EXP BOT, 2018, 69(2):329-339
|
| Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 22(3):386-393
|
|
| Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova INT J MOL SCI, 2018, 19:4060
|
|
| 2017 | The interplay of chromatin landscape and DNA-binding context suggests distinct modes of EIN3 regulation in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV Frontiers in Plant Science, 2017, 7:2044
|
| Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova SCI REP-UK, 2017, 7: 2489
|
|
| The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y. Acta Naturae, 2017, 9 (special issue 1) 67
|
|
| A sacrifice-for-survival mechanism protects Root Stem Cell Niche from Chilling Stress Jing Han Hong, Maria Savina, Jing Du, Ajay Devendran, Karthikbabu Kannivadi Ramakanth, Xin Tian, Wei Shi Sim, Victoria V. Mironova, and Jian Xu CELL, 2017, Jun 29;170(1)
|
|
| 3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and diarch symmetry in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha V.V., Pasternak T., Ivanov V.B., Palme K., Mironova V.V. PLANT J, 2017, V. 92(5), P. 834-845
|
|
| The systems biology of auxin in developing embryos. V. Mironova, W. Teale, M. Shahriari, J. Dawson, K. Palme. TRENDS PLANT SCI, 2017, 22(3):225–235
|
|
| 2016 | A detailed expression map of the PIN1 auxin transporter in Arabidopsis thaliana root N.A. Omelyanchuk, V.V. Kovrizhnykh, E.A. Oshchepkova, T. Pasternak, K. Palme, V.V. Mironova. BMC PLANT BIOL, 2016
|
| Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Принята в печать. DOI: 10.18699/VJ15.105
|
|
| Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L. Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2016, 14(2):1641009.
|
|
| Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(4):459-474
|
|
| 2015 | On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 3, pp. 293–299
|
| 2014 | КЛЮЧЕВАЯ РОЛЬ PIN-БЕЛКОВ В ТРАНСПОРТЕ АУКСИНА В КОРНЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014
|
| Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 1, С. 175-192
|
|
| О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, т.18, № 4/2, с.953-962
|
|
| Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Том 9, № 2, стр. 504-517
|
|
| Компьютерный анализ и функциональная аннотация сайтов связывания транскрипционных факторов AP2/ERF в геноме Arabidopsis thaliana L. Черных О.А., Левицкий В.Г., Омельянчук Н.А., Миронова В.В Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, 887-897.
|
|
| Ключевая роль PIN белков в транспорте ауксина в корне Arabidopsis thaliana L. В.В. Коврижных, Н.А. Омельянчук, Т.П. Пастернак, В.В. Миронова. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, №4/1, с. 797-806
|
|
| Математическая модель регуляции фитогормонами формирования меристематической зоны корня Лавреха В.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, №4/2, с. 963-972.
|
|
| Computational analysis of auxin responsive elements in the Arabidopsis thaliana L. genome Mironova VV, Omelyanchuk NA, Wiebe DS, Levitsky VG BMC GENOMICS, 2014, 15 Suppl 12:S4 doi:10.1186/1471-2164-15-S12-S4
|
|
| 2013 | MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии, 2013, т. 9, № 3, с. 15-23.
|
| Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Molecular Biology, 2013, т. 47, № 6, с. 900-913.
|
|
| MATHEMATICAL MODELING OF AUXIN TRANSPORT IN PROTOXYLEM AND PROTOPHLOEM OF ARABIDOPSIS THALIANA ROOT TIPS Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazantsev FV, Likhoshvai VA Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, DOI: 10.1142/S0219720013400106
|
|
| How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 1, 11, 1340011 (DOI: 10.1142/S0219720013400118)
|
|
| Исследование математической модели перераспределения вещества в кольцевом ансамбле клеток С. И. Фадеев, В. В. Когай, В. В. Миронова, Н. А. Омельянчук, В. А. Лихошвай Сибирский журнал вычислительной математики, 2013, 16:2 (2013), 171–184
|
|
| 2012 | Развитие и прорастание семянок у ремонтантных сортов крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Сельскохозяйственная биология, 2012, №3
|
| 2011 | Репродуктивные особенности и перспективы использования розовоцветкового декоративного гибрида Fragaria x Potentilla (сорт Frel) в селекции крупноплодной земляники Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 800-807.
|
| Интродукция розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Научные ведомости БелГУ. Серия: Естественные науки, 2011, т. 104, № 9 вып. 15/2, C. 54-59
|
|
| 2010 | Состояние и перспективы селекции розовоцветковой крупноплодной земляники (Fragaria × ananassa Duch.) в Западной Сибири Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т.14., № 1
|
| Некоторые достижения в решении проблем семенной репродукции ремонтантных сортов крупноплодной земляники Батурин С.О., Аполинарьева И.К., Кузнецова Л.Л. Материалы Международной научно-методической дистанционной конференции «Актуальные проблемы размножения ягодных культур и пути их решения», 2010
|
|
| Матроклинное наследование при скрещиваниях Fragaria x Potentilla Батурин С.О., Амброс Е.В., Кузнецова Л.Л. Фактори експериментальноiй еволюцiп органiзмiв, 2010, т8, 303-306
|
|
| 2009 | Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С. 170-176
|
| Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1,Том 13, стр. 176-186
|
|
| Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm N Omelyanchuk, I Orlovskaya, I Schraufstatter, S Khaldoyanidi Journal of Stem Cells, 2009, v4, issue 3, pp. 147-160
|
|
| Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА RUSS J GENET+, 2009, Т. 45, No. 11, pp. 1476–1492
|
|
| 2008 | Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7 Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140
|
| Математическое моделирование морфогенеза растений Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Журнал вычислительной математики и математической физики, 2008, Т.11. №2., c.151-166
|
|
| О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А Сибирские электронные математические известия, 2008, N5, 25-41
|
|
| Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 5, 420, 703-707
|
|
| 2007 | Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, Т. 38, №. 6, стр. 446–456, 2007
|
| Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. RUSS J DEV BIOL+, 2007, 38 №6, 457-462
|
|
| А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, 02B, pp. 641-650
|
|
| Наследование розовой окраски венчика у полиплоидов земляники (Fragaria L.) Батурин С.О., Кузнецова Л.Л. Досягнення i проблеми генетики, селекцiп та бпотехнологiп, 2007
|
|
| 2006 | МиРНК – новые регуляторы активности генов у эукариот А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, N 2, стр.241-272
|
| Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
|
|
| Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
|
|
| Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, выпуск N7, т. 51
|
|
| Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
|
|
| Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 304-311
|
|
| A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
|
|
| A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, №7, V. 51
|
|
| Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
|
|
| 2005 | Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2005, Т.9, N2, май 2005, 232-261
|
| 2004 | Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):599-610
|
| Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. Сибирский экологический журнал, 2004, 11(5):611-621
|
|
| Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Molecular Biology, 2004, Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81.
|
|
| 2003 | Эффект замены хромосомы 5A дополнительной хромосомой 5B у потомства сомаклональной линии обыкновенной пшеницы, моносомной по 5A Е. И. Гордеева, Бадаева Е. Д., Будашкина Е. Б., Н. А. Омельянчук Генетика, 2003, 39(12): 1656-63
|
Монографии
| 2017 | Hogness Box Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.
|
| 2015 | RNA-seq data analysis for studying abiotic stress in horticultural plants. Chapter 14. Mironova V.V., Weinholdt C., Grosse I.
|
| 2008 | Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.
|
| Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.
|
|
| 2007 | The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.
|
Конференции
| 2024 | InterTransViewer: a comparative analysis of differential
gene expression profiles Тяпкин Александр Вячеславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
| FindTFnet: a tool for reconstruction of Arabidopsis
transcription factor networks from transcriptome data Омельянчук Надежда Анатольевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Богомолов Антон Геннадьевич, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| DyCeModel: a tool for 1D simulation for plant hormones
control of tissue patterning using shoot and root apical
meristems of Arabidopsis thaliana as examples Азарова Дарья Сергеевна, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Structural variants of EIN3 binding site mediate regulation of distinct biological processes in response to ethylene in Arabidopsis thaliana L. Маслакова Ангелина Александровна, Долгих Владислав Андреевич, Землянская Елена Васильевна BGRS/SB-2024: 14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| New technique for the quantitative description of root cap renewal in Arabidopsis thaliana L. Черенко В.А., Землянская Е. В. 14th International Multiconference Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems Biology
|
|
| Мозаичное распределение водорослей и цианопрокариот в таежных сообществах подзоны южной тайги Багаутдинова З.З., Пивоварова Ж.Ф. Водоросли: проблемы таксономии экологии, использование в мониторинге и биотехнологии
|
|
| 2023 | CisCross web server: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators in Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Levitsky V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G., Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Mironova V. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)
|
| Computational reconstruction
of transcriptional cascades induced
by plant hormones Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Лавреха В.В. PlantGen
|
|
| Identification of functional transcription factor binding motifs in the Arabidopsis thaliana ChIP-seq data Dolgikh V.A., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G. Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2023)
|
|
| Выявление спектра функциональных мотивов связывания транскрипционных факторов в ChIP-seq данных Arabidopsis thaliana L. Долгих В.A., Землянская Е.В., Левицкий В.Г. X Съезд общества физиологов растений России. Всероссийская конференция с международным участием: «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата»
|
|
| НОВАЯ МЕТОДИКА КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ОЦЕНКИ КЛЕТОЧНОЙ
ДИНАМИКИ В КОРНЕВОМ ЧЕХЛИКЕ ARABIDOPSIS THALIANA L. Черенко В.А., Землянская Е.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Биология растений в эпоху глобальных изменений климата"
|
|
| 2022 | Web-MCOT server for motifs co-occurrence search in ChIP-seq data Victor Levitsky, Alexey Mukhin, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Sergey Lashin BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
| Integration of ChIP-seq and RNA-seq data in structure-function analysis of cis-regulatory elements Dolgikh V., Wiebe D., Levitsky V., Zemlyanskaya E. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| CisCross web service: a gene set enrichment analysis to predict the upstream regulators for Arabidopsis thaliana Lavrekha V.V., Tsukanov A.V., Bogomolov A.G. , Omelyanchuk N., Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Mironova V.V. BGRS/SB-2022: 13th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| Salicylic acid treatment changes plant root system patterning OMELYANCHUK N.A, BAGAUTDINOVA Z.Z., ZEMLYANSKAYA E.V. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| Salicylic acid and abiotic stress: nature of interaction Коврижных Василина Владимировна,Багаутдинова Зульфира Зиннуровна Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022)
|
|
| 2021 | Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E. Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021
|
| WOX5 поддерживает баланс в распределении ауксина между проксимальной и дистальной меристемами корня у Arabidopsis thaliana L. Савина М.С. Омельянчук Н.А. Пастернак Т.П. Миронова В.В. Лавреха В.В. Всероссийская научная конференция с международным участием "Экспериментальная биология растений и биотехнология: история и взгляд в будущее
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ФИТОГОРМОНОВ В ОБНОВЛЕНИИ КЛЕТОК КОРНЕВОГО ЧЕХЛИКА У ARABIDOPSIS THALIANA Убогоева Е.В., Землянская Е.В. Мульти-школа "SBB-2021 & PlantGen School 2021"
|
|
| Genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites guides engineering of new ethylene sensor Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. 31st International Conference on Arabidopsis research (ICAR 2021-Virtual)
|
|
| Structural and functional characterization of transcription factor binding sites: from bioinformatics to hormone biosensors Dolgikh V., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The 6th International Scientific Conference Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology (PlantGen 2021)
|
|
| In silico design of new ethylene sensors in plants based on genome-wide analysis of EIN3 transcription factor binding sites Dolgikh V.A., Levitsky V. G., Oshchepkov D. Y., Zemlyanskaya E. V. International Conference Marchuk Scientific Readings 2021
|
|
| 2020 | FoldGO - программный комплекс для выявления фолд-специфичных ГО категорий в данных транскриптомных экспериментов Вибе Д.С., Мухин А.М., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. Симпозиум Биофизика сложных систем. Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование”
|
| Meta-analysis of transcriptome data clarified hormonal regulation of cold stress response in Arabidopsis thaliana L Omelyanchuk Nadezda, Sizentsova Yana, Mironova Victoria Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020
|
|
| Diversity of cis-elements in response to dioxin in human Oshcepkova Evgenia, Sizentsova Yana, Mironova Victoriya Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology - BGRS/SB-2020
|
|
| Keeping the gate closed: WOX5 supports the balance between the proximal and distal root meristems via auxin biosynthesis in Arabidopsis thaliana L. Savina M.S., Pasternak T., Omelyanchuk N., Mironova V.V., Lavrekha V.V. BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”
|
|
| EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“
|
|
| 2019 | Search for cis-elements associated with response to dioxin in human Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Viktoria Mironova. Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB)
|
| The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Землянская Елена Васильевна Миронова Виктория Владимировна Меркулова Татьяна Ивановна VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums
|
|
| The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Меркулова Татьяна Ивановна 9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19
|
|
| Diversity of AuxREs Novikova DD, Weijers D, Mironova VV Experimental Plant Sciences Meeting
|
|
| Diversity of AuxREs in Arabidopsis thaliana L. Novikova DD, Weijers D, Mironova VV The International Plant Growth Substances Association (IPGSA) Conference
|
|
| Systems analysis of chilling stress induced transcriptomes in Arabidopsis thaliana Sizentsova Y.G., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| Mitosis and DNA replication events define the boundaries of transition zone in Arabidopsis thaliana root tip Viktoriya V. Lavrekha, Taras P. Pasternak, Uliyana S. Zubairova, Victoria V. Mironova International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019),
|
|
| FoldGO: a web server to identify functional gene groups responding to a factor within specific ranges of fold changes Nadya Omelyanchuk, Daniil Wiebe, Victoria Mironova 30th International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2019)
|
|
| FoldGO - новый метод анализа функционального обогащения с учетом степени изменения транскрипционной активности. Вибе Д.С., Омельянчук Н.А., Мухин А.М., Лашин С.А., Миронова В.В. 7ой съезд ВОГиС
|
|
| The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins
in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
|
|
| Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E. The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)
|
|
| What can we learn about stress-induced root growth by mathematical modeling of auxin distribution? Savina M.S., Kazantsev F.V., MironovaV.V. Plant Organ Growth Symposium 2019
|
|
| Моделирование распределения ауксина при регенерации меристемы корня Arabidopsis thaliana Савина М.С., Миронова В.В. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров
|
|
| Systems biology study on the WOX5 role in the distal part of the root meristem in Arabidopsis thaliana Savina M.S., Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. Plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology (PlantGen2019): the fifth international scientific conference
|
|
| 2018 | Developing FoldGO, the tools for multifactorial functional enrichment analysis A.M. Mukhin, D.S. Wiebe, I. Grosse, S.A. Lashin, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2018)
|
| Математическое моделирование формирования и поддержания структуры апикальной меристемы корня Arabidopsis thaliana L. Лавреха В.В., Миронова В.В. ХХV международная конференция Математика Компьютер Образование
|
|
| 3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: longitudinal zonation and symmetries in the wild type and mutants Lavrekha V.V., Pasternak T., Mironova V.V. 29 International Conference on Arabidopsis research (ICAR’2018)
|
|
| Mathematical modeling of formation and supporting of the structure of the root apical meristem Arabidopsis thaliana L. V.V. Lavrekha, V.V. Mironova Eleventh International Conference “BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\systems biology”
|
|
| Longitudinal zonation and symmetries in proliferation activity of the Arabidopsis thaliana root meristem in cytokinin deficient and auxin overproducing mutants Viktoriya Lavrekha, Taras Pasternak, Klaus Palme, Victoria Mironova International Symposium “Auxins and Cytokinins in Plant Development ... and Interactions with Other Phytohormones"
|
|
| Mathematical modeling of chilling stress induced changes in Arabidopsis thaliana root meristem M.S. Savina, J.H. Hong, Jian Xu, V.V. Mironova Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| MATHEMATICAL MODELING OF CHILLING STRESS EFFECT ON THE PLANT ROOT MERISTEM Maria Savina, Jing Han Hong, Jian Xu, Victoria Mironova The first international Plant Systems Biology meeting
|
|
| Mathematical modeling of the effects of chilling stress on Arabidopsis thaliana root stem cell niche Maria Savina, Jing Han Hong, Jian Xu, Victoria Mironova International Symposium “Auxins and Cytokinins in Plant Development ... and Interactions with Other Phytohormones
|
|
| A Systematic Approach for Dissecting the Mechanisms of EIN3-Dependent Regulation of Ethylene Response in Ara-bidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, V.G. Levitsky The XI International Symposium on the Plant Hormone Ethylene (Ethylene 2018)
|
|
| Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)
|
|
| The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data. V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)
|
|
| FoldGO - the new method for functional enrichment analysis of transcriptome data to identify fold-change-specific GO terms Wiebe D.S., Mironova V.V. 17TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY (ECCB 2018)
|
|
| FoldGO for functional annotation of transcriptome data to identify fold-change-specific GO categories D.S. Wiebe, A.M. Mukhin, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology
|
|
| Early and late transcriptional responses to the low concentration of salicylic acid
in Arabidopsis thaliana L. root E. Elgaeva, E. Zemlyanskaya, D. Novikova, V. Mironova Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) | The Tenth International Young Scientists School
|
|
| 2017 | Математическая модель самоорганизации потоков ауксина в корне Ф.В. Казанцев, В.В. Миронова БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
|
| Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В. БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ
|
|
| ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю. БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
|
|
| Auxin induced expression changes differ among functional gene groups Омельянчук Н. Вибе Д. Миронова В. Высокопроизводительное секвенирование в геномике
|
|
| 3D analysis of mitosis distribution highlights the longitudinal zonation and bilateral symmetry of the Arabidopsis thaliana root meristem Lavrekha VV, Pasternak T, Mironova VV БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева
|
|
| 2016 | ТРЕХМЕРНАЯ КАРТА ПРОЛИФЕРАЦИОННОЙ АКТИВНОСТИ В КОНЧИКЕ КОРНЯ ARABIDOPSIS THALIANA: РАДИАЛЬНАЯ, БИЛАТЕРАЛЬНАЯ И ПРОДОЛЬНАЯ СИММЕТРИИ В.В. Лавреха, Т. Пастернак, В.В. Миронова V Международная Школа для молодых ученых «Эмбриология, генетика и биотехнология»
|
| High resolution map of key cell cycle events in Arabidopsis root tips: radial, bilateral and longitudinal symmetry Lavrekha VV, Pasternak T, Omelyanchuk NA, Ivanov VB, Mironova VV International Conference on Systems Biology (ICSB 2016) 16-22 september
|
|
| Моделирование распределения ауксина в корне A. thaliana в мутантах по генам, кодирующим PIN белки-транспортеры Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"
|
|
| Моделирование воздействия холода на физиологическое распределение ауксина в корне A. thaliana Савина М.С., Казанцев Ф.В., Миронова В.В. XXIII международная конференция "математика. компьютер. образование"
|
|
| Expression map of PIN transporters in the root meristem of Arabidopsis thaliana V.V. Kovrizhnykh, T. Pasternak, N.A. Omelyanchuk, V.V. Mironova Plant signaling and behavior
|
|
| MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova MM-HPC-BBB-2016
|
|
| MATHEMATICAL MODELING OF ACTIVE SUBSTANSES AND FACTORS INFLUENCE ON FUNCTIONING OF PLANT ROOT MERISTEM M.S. Savina, F.V. Kazantsev, V.V. Mironova SBB-2016
|
|
| 3D map of proliferation activity in Arabidopsis thaliana root tips: transition domain boundaries and its bilateral symmetry Lavrekha V.V., Pasternak T., Omelyanchuk N.A., Ivanov V.B., Mironova V.V. BGRS/SB’16, Novosibirsk
|
|
| Mathematical modeling a reciprocal interactions between auxin and its PIN transporters in the root tip of A. thalina L. Коврижных В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Миронова В.В. BGRS 2016
|
|
| Phylogeny and Expression of MAKR family genes in Arabidopsis thaliana L Novikova D.D.,Mironova V.V., Jaillais Y.,Omelyanchuk N.A. The 10th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
|
|
| Meta-analysis of transcriptome data to investigate auxin response mechanisms in Arabidopsis thaliana L. Novikova D.D.,Mironova V.V.,Omelyanchuk N.A., Cherenkov P.A. International Conference on Systems Biology
|
|
| FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G. PGGFS-2016
|
|
| Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky BGRS\SB-2016
|
|
| 2015 | Mathematical modeling of morphogenetic regulation of the meristem zone formation in the plant root Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А. MCCMB-2015 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)
|
| Поиск ассоциированных с ответом на ауксин TGTCnn - содержащих регуляторных мотивов и их повторов у Arabidopsis thaliana L. Вибе Даниил Станиславович, Миронова Виктория Владимировна МНСК 2015 г. Новосибирск
|
|
| The compensatory mechanism providing for auxin transport in pin mutants of Arabidopsis thaliana L Vasilina Kovrizhnykh, Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak. Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology
|
|
| Математическое моделирование распределения концентрации ауксина в клетках горизонтального слоя корня Е.С. Новоселова, В.В. Миронова XII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Перспективы развития фундаментальных наук"
|
|
| 2014 | The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине
|
| The tool to study plant hormone auxin distribution in the plant root F. Kazantsev, V. V. Mironova ECMTB 2014
|
|
| Филогения и особенности экспрессии генов семейства MAKR у Arabidopsis thaliana Новикова Д. Д., Миронова В. В. МНСК 2014 г.
|
|
| Auxin-responsive transcriptome of Arabidopsis thaliana roots Миронова Виктория Владимировна Новикова Дарья Дмитриевна Омельянчук Надежда Анатольевна Васильев Геннадий Владимирович Климова Наталья Викторовна BGRS-2014
|
|
| Филогения генов семейства MAKR и их экспрессия у Arabidopsis thaliana L. Новикова Д. Д., Миронова В. В. Высокопроизводительное секвенирование: получение, анализ данных и их использование в филогенетике
|
|
| Гены семейства MAKR у Arabidopsis thaliana L Новикова Д. Д., Миронова В. В. Перспективы развития и проблемы современной ботаники
|
|
| Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого паттерна корня растения. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А. 18-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века"
|
|
| Computation modeling of vascular patterning in plant roots ES Novoselova, VV Mironova, FV Kazantsev, NA Omelyanchuk, VA Likhoshvai The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)
|
|
| Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A. 9th BGRS\SB-2014
|
|
| How the plant root deals with missing of a PIN auxin transporter Victoria Mironova, Fedor Kazantsev, Vasilina Chernova, Nadezda Omelyanchuk, Taras Pasternak 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
|
|
| Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. The Ninth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology (BGRS\SB-2014)
|
|
| Modeling of cell dynamics in the root apical meristem with dynamical grammar Lavrekha V.V., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A. 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014
|
|
| 2013 | GlaI-qPCR анализ — новый инструмент количественной оценки метилирования ДНК и его применение для изучения генов-супрессоров опухоли Кузнецов В.В., Землянская Е.В., Акишев А.Г., Абдурашитов М.А., Дегтярев С.Х. XXV Международная зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии»
|
| Ауксин-зависимые изменения транскриптома корней Arabidopsis thaliana L. Миронова В.В., Кузнецова Л.С., Филипенко Е.А., Климова Н.В., Васильев Г.В., Кочетов А.В. International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”
|
|
| 2012 | Изучение субстратной специфичности 5mC зависимой сайт-специфической ДНК эндонуклеазы BisI Землянская Е.В., Дегтярев С.Х. Международная конференция «Биология – наука XXI века»
|
| ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL AND POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AUXIN CARRIER AtPIN1 Chernova V.V., Ermakov A.A., Doroshkov A.V., Omelyanchuk N.A., Mironova V.V. VIII Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2012)
|
|
| THE MODEL FOR AUXIN REGULATED AtPIN1 EXPRESSION IN THE ROOT APICAL MERISTEM А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, С.С. Сангаев, Н.А. Омельянчук, А.В. Кочетов, В.В. Миронова The 2nd International Conference "Plant Genetics, Genomics and Biotechnology"
|
|
| Исследование регуляторных районов PIN1 гена Arabidopsis thaliana L. (Study of PIN1 regulatory regions in Arabidopsis thaliana L. А.А. Ермаков, В.В. Чернова, А.В. Дорошков, И.В. Миронова, С.С. Сангаев, А.В. Кочетов, В.В. Миронова II (X) Международная Ботаническая Конференция молодых ученых в Санкт-Петербурге, 11-16 ноября 2012 года
|
|
| 2010 | Дозовый эффект гена при наследовании розовой окраски венчика у потомков межродовых гибридов Fragaria x ananassa Duch. × Comarum palustre L. Кузнецова Л.Л., Батурин С.О. Перспективы развития и проблемы современной ботаники / Материалы II (IV) Всероссийской молодежной научно-практической конференции. Новосибирск: Изд-во СО РАН.
|
| 2009 | Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk
|
| 2008 | Mathematical model of auxin metabolism in shoots of Arabidopsis thaliana L. Akberdin I. R., Kazantsev F. V., Omelyanchuk N. A., Likhoshvai V. A. 2nd International Conference "Mathematical Biology and Bioinformatics", Pushchino, Moscow region, September 7-13, 2008
|
| Auxin regulation of its own transport determines the root tip structure in plants V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, S.I. Fadeev, V.V Koga2, G. Yosiphon, E. Mjolsness, V.A.Likhoshvai 6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28
|
|
| Mathematical model of auxin-mediated root patterning Mironova V.V., Likhoshvai V.A. International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics
|
|
| Математическая модель поддержания тотипотентности и дифференцировки клеток при развитии меристемы побега Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008"!", Москва, Россия
|
|
| Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development Lavreha V.V., Penenko A.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A. The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
|
|
| A MODEL STUDY OF THE ROLE OF PROTEINS CLV1, CLV2, CLV3, AND WUS IN REGULATION OF THE STRUCTURE OF THE SHOOT APICAL MERISTEM Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)
|
|
| Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development V.V. Lavreha, A.V.Penenko, S.V. Nikolaev, N.A. Kolchanov The European conference on Computational Biology (ECCB'08)
|
|
| 2007 | Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", September 2-8, 2007, Novosibirsk, Russia
|
| Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A. 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 – 7 July 2007
|
|
| 2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana Ilya R. AKBERDIN, Evgeny A. OZONOV, Victorya V. MIRONOVA, Dmitry N. GORPINCHENKO, Nadezda A. OMELYANCHUK, Vitaly A. LIKHOSHVAI, Denis S. MIGINSKY, Nikolai A. KOLCHANOV Proceedings of the 3-rd Moscow conference on computional molecular biology. Moscow, Russia
|
|
| Компьютерная система для моделирования и анализа растительных тканей Лавреха В.В., Пененко А.В., Шерин Д.С., Николаев С.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
|
|
| Моделирование механизма позиционирования зоны деления стволовых клеток в апикальной меристеме побега растения Пененко A.В., Николаев С.В., Смаль П.А., Лавреха В.В. VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007
|
|
| Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточных автоматов Озонов Е.А., Акбердин И.Р., Миронова В.В., Горпинченко, Д.Н, Лихошвай В.А Всероссийская научная конференция студентов физиков ВНКСФ-13
|
|
| Извлечение знаний из опубликованных данных по генетике растений: база данных AGNS и ее приложения Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Д.К. Пономарев, Е.М. Залевский, И.С. Шамов, Н.Л. Подколодный, Н.А. Колчанов Материалы Всероссийской конференции с международным участием "Знания – Онтологии – Теории" (ЗОНТ-07), 14-16 сентября 2007, Новосибирск
|
|
| Моделирование морфогенеза зародыша Arbidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин ИР, Озонов ЕА, Миронова ВВ, Горпинченко ДН, Омельянчук НА, Лихошвай ВА Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск
|
|
| Подходы к моделированию регуляции развития корня растения Горпинченко Д., Миронова В. Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс" (МНСК) Новосибирск
|
|
| Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Сборник материалов Международной молодёжной научно-методической конференции "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" г. Томск
|
|
| Computer system for analysis and modeling 2D plant tissue Lavreha V.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A., Penenko A.V. 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia
|
|
| Modeling of the Shoot Apical Meristem Structure Regulation Based on CLV1, CLV2, CLV3 and WUS Interactions Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. The Eighth International Conference On Systems Biology (ICSB-2007)
|
|
| 2006 | A system for simulation of 2D plant tissue growth and development Nikolaev S.V., Penenko A.V., Belavskaya V.V., Mjolsness E., N.A. Kolchanov N.A. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
| AGNS (arabidopsis genenet supplementary database), release 3.0 Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P. 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| Program Method of Constructing Ontology of Phenotypic Abnormalities for Arabidopsis thaliana Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)
|
|
| AGNS database and cellular automaton to model the development of shoot meristems of Arabidopsis thaliana Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. II Всероссийская конференция "Инфокоммуникационные и компьютерные технологии и системы", Улан-Удэ, Россия (Июль 1-4)
|
|
| System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies
|
|
| Modeling of morphogenesis of Arabidopsis thaliana in cellular automaton terms Akberdin I. R., Evgeniy A. Ozonov, Victoria V. Mironova, Nadezda A. Omelyanchuk, Vitaly A. Likhoshvai VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
|
|
| Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
|
|
| Моделирование морфогенеза растения в терминах клеточного автомата Акбердин И.Р, Озонов Е.А, Миронова В.В, Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006
|
|
| Онтология развития растения базы данных по экспрессии генов Арабидопсиса AGNS (Arabidopsis GeneNet Supplementary DataBase) Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Поплавский А.С. Материалы II всероссийской конференции с международным участием "Инфокоммуникационные и вычислительные технологии и системы". г. Улан-Удэ
|
Гранты
| 2021 | Поиск, декомпозиция и верификация регуляторных модулей, обеспечивающих формирование пространственно-временных паттернов экспрессии генов растений РНФ, номер гранта 21-14-00240
|
| 2020 | Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного
ответа на этилен у растений: системный анализ
полногеномных данных Российский научный фонд, номер гранта 20-14-00140
|
| 2019 | Поддержка и развитие центра коллективного пользования научным оборудованием Центр генетических ресурсов лабораторных животных путем инструментального развития исследований для обеспечения реализации приоритетов научно-технологического развития Минобрнауки России, номер гранта 05.621.21.0023
|
| Выявление и экспериментальная проверка ауксин-чувствительных композиционных элементов в промоторах генов Arabidopsis thaliana L. РФФИ, номер гранта 19-44-543006 р_мол_а
|
|
| Системный анализ механизмов дифференцировки камбия у Arabidopsis thaliana L. РФФИ, номер гранта 19-54-12013
|
|
| 2018 | Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов РФФИ, номер гранта 18-29-13040 мк
|
| Системный анализ генов, обеспечивающих устойчивость корня растений к низким положительным температурам Российский научный фонд, номер гранта 18-74-10008
|
|
| Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у
растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям РФФИ, номер гранта 18-44-540039
|
|
| Исследование молекулярно-генетических механизмов формирования позиционной информации в апикальной меристеме корня Arabidopsis thaliana с использованием портретной математической модели Российский Фонд Фундаментальных Исследований, номер гранта 18-34-00485
|
|
| Разработка и апробация метода поиска и функциональной аннотации цис-регуляторных элементов, ассоциированных с ответом организма на изменение внешних условий РФФИ, номер гранта 18-04-01130
|
|
| 2015 | Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 15-34-20870 мол_а_вед
|
| 2014 | Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии Российский Научный Фонд, номер гранта РНФ 14-14-00734
|
| 2013 | Роль ауксина и этилена в регуляции активности генов в корне проростка Arabidopsis thaliana L.: полногеномный подход РФФИ, номер гранта 12-04-33112-мол-а-вед
|
| Гибридная мощность в апозиготических потомствах сахарной свёклы Президиумы СО РАН и НАН Беларуси, номер гранта №3
|
|
| 2012 | Гибриды с цитоплазматической мужской стерильностью как исходный материал для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.) РФФИ и БРФФИ, номер гранта 12-04-90000-Бел_а
|
| 2009 | Participation to miniprogram “Morphodynamics in Plants, Animals and Beyond" NSF USA, номер гранта PHY05-51164
|
| Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии Президиум СО РАН, номер гранта 107
|
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов Президиум РАН, номер гранта 23.29
|
|
| ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ Президиум СО РАН, номер гранта 119
|
|
| 2008 | Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana РФФИ, номер гранта 08-04-01214-а
|
| Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов. Президиум РАН, номер гранта Проект 26.29.
|
Научное руководство
| 2021 | Тема работы: Структура сайтов связывания цитокинин-зависимых транскрипционных факторов
семейства B-ARR у Arabidopsis thaliana L. Волянская Анастасия Рашидовна 2021-06-08
|
| 2020 | Генетический контроль биосинтеза этилена в клетках корневого чехлика у Arabidopsis thaliana L. Убогоева Елена Вячеславовна 2020-06-20
|
| Роль повторов мотива EBS в промоторах генов в регуляции EIN3-зависимого ответа на этилен у Arabidopsis thaliana L. Пуховая Евгения Максимовна 2020-06-20
|
|
| 2019 | Поиск новых чувствительных к ауксину регуляторных элементов в промоторах генов Arabidopsis thaliana L. Новикова Дарья Дмитриевна 03.02.2007 - Генетика, 03.01.2009 - Математическая биология, биоинформатика, 2019-12-04
|
| Компьютерное моделирование распределения ауксина в апикальной меристеме корня Arabidopsis thaliana с учетом анатомии корневого чехлика и нарушений в его структуре Савина Мария Сергеевна 03.01.2009 - Математическая биология, биоинформатика, 2019-12-04
|
|
| Разработка этилен-чувствительного геносенсора на основании анализа полногеномных данных Arabidopsis thaliana Долгих Владислав Андреевич 06.04.01 Биология, 2019-06-17
|
|
| 2018 | Поиск генов, обеспечивающих влияние ауксина на биосинтез и передачу сигнала фитогоромна этилена у Arabidopsis thaliana L. Убогоева Елена Вячеславовна академический бакалавриат 06.03.01 - биология, 2018-06-02
|
| 2017 | Разработка программного комплекса для функциональной аннотации цис-регуляторных элементов и его апробация на ауксин-чувствительных элементах Arabidopsis thaliana Черенков Павел Андреевич 2017-06-11
|
| Компьютерный анализ особенностей экспрессии транспортеров ауксина семейства PIN в корне Arabidopsis thaliana L Коврижных Василина Владимировна 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика, 2017-03-29
|
Учебные курсы
| 2024 | Компьютерная транскриптомика Землянская Елена Васильевна, Пронозин Артем Юрьевич, Долгих Владислав Андреевич Cеместров: 3
|
| 2018 | Компьютерная транскриптомика Землянская Елена Васильевна, Генаев Михаил Александрович НГУ, семестров: 1
|
| 2017 | Введение в информационную биологию Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А. НГУ, ФЕН, биология, бакалавриат, 2 семестр, семестров: 1
|
| 2015 | Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология" НГУ, Факультет естественных наук, Кафедра информационной биологии, семестров: 1
|
Патенты
| 2021 | Программный комплекс для выявления обогащения цис-регуляторных элементов в выборке функциональных районов генома (CisCross) Левицкий Виктор Георгиевич, Миронова Виктория Владимировна, Лавреха Виктория Вадимовна Номер патента 2021619056
|
| Программный комплекс для дизайна синтетических цис-регуляторных элементов из последовательностей ДНК (GSGA) Левицкий В.Г., Землянская Е.В. Номер патента 2021616696
|
|
| 2019 | Программный комплекс для предсказания совместной встречаемости мотивов с учетом их перекрывания на основе данных массового секвенирования ChIP-seq (MCOT) Левицкий Виктор Георгиевич Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2019613677
|
| 2018 | Функциональная аннотация дифференциально экспрессирующихся генов с учетом степени изменения экспрессии (FoldGO) Вибе Даниил Станиславович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2018665628
|
| Cоздание двумерных моделей тканей растений (PlantLayout) Савина Мария Сергеевна Миронова Виктория Владимировна Номер патента 2018661009
|
|
| 2008 | Штамм бактерий Bacillus simplex - продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Bls I Чернухин В.А., Томилова Ю.Э., Чмуж Е.В., Соколова О.О., Дедков В.С., Дегтярев С.Х. Номер патента 2322494
|
| Штамм бактерий Glacial ice bacterium - продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Glu I Чернухин В.А., Чмуж Е.В., Томилова Ю.Э., Наякшина Т.Н., Дедков В.С., Дегтярев С.Х. Номер патента 2322492
|
|
| 2006 | Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS) Омельянчук Н.А., Поплавский А.С., Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Номер патента 2006620170
|
| Штамм бактерий Bacillus subtilis - продуцент эндонуклеазы рестрикции BisI Дегтярев С.Х., Чмуж Е.В., Абдурашитов М.А., Каширина Ю.Г., Дедков В.С., Томилова Ю.Э., Мезенцева Н.В., Гончар Д.А. Номер патента 2270859
|
|
© 2010-2025 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены. | |