1.     Основное направление исследований

Получение и характеристика трансгенных клеточных культур и линий животных для изучения процессов нейрогенеза. Создание систем направленного редактирования митохондриального генома млекопитающих. 

Задачи, решаемые в рамках основного направления на данном этапе:

1. Создание трансгенных линий эмбриональных стволовых клеток мыши, в геном которых строго специфично интегрированы репортерные гены флуоресцентных белков, маркирующие экспрессию нейральных генов. Получение химерных животных с маркированной экспрессией нейральных генов инъекционным методом.
2. Разработка и сборка генетических конструкций для специфичной модификации митохондриального генома. Разработка методов доставки генетических конструкций и/или их продуктов в митохондрии. Оценка эффективности доставки генетических конструкций в митохондрии. Характеристика эффективности разработанной системы.

2.     Аннотация базового бюджетного проекта подразделения

Сектор клеточных технологий был создан в январе 2014 г. Основное направление исследований является новым и пока не вошло ни в один бюджетный проект в связи с тем, что эти проекты формировались в конце 2013 года, когда сектор еще не существовал.

3.     Прикладные разработки

В секторе ведется разработка систем направленного редактирования митохондриального генома млекопитающих. Данные системы после их разработки, апробации на модельных животных и прохождении доклинических испытаний, могут быть использованы для генной и клеточной терапии митохондриальных заболеваний. Трудности применения разрабатываемых систем для генной и клеточной терапии связаны с отсутствием законодательной базы в области клеточных технологий в РФ.

4.     Иллюстрированное описание лучших результатов, полученных подразделением за последние 5 лет

Получены трансгенные линии ЭС клеток, в которых экспрессию гена бета-тубулина III (нейрального маркера) можно детектировать по флуоресценции репортерного гена EGFP.

Ген бета-тубулина III (Tubb3), был выбран в качестве маркера нейральной дифференцировки. На первом этапе работы была получена и охарактеризована линия эмбриональных стволовых (ЭС) клеток мыши. Эти клетки имели диплоидное модальное число хромосом и при инъекции в бластоцисту давали вклад во все три зародышевых листка и в зародышевый путь. Для маркирования экспрессии гена Tubb3 при помощи метода направленной модификации генома TALEN (Transcription activator-like effector nuclease) в 3`UTR этого гена вместо стоп-кодона была введена кассета P2A-EGFP-PGK-Puro-PA. Таким образом, экспрессию бета-тубулина III можно детектировать по флуоресценции репортерного гена EGFP. После трансфекции ЭС клеток и селекции на пуромицине были получены 18 трансгенных линий клеток. Молекулярный анализ показал встройку трансгена в целевом месте Tubb3 в четырех линиях ЭС клеток. Проверку функциональности трансгена проводили с помощью дифференцировки ЭС клеток в нейральные клетки с использованием стандартного протокола. На 13 день дифференцировки в телах и отростках клеток детектировали экспрессию EGFP. Дифференцировку в нейроны также подтвердили иммуноцитохимическим окрашиванием на специфический компонент промежуточных микрофиламентов нейронов – NF200 (рис. 1). Таким образом, были получены линии трансгенных ЭС клеток, содержащие кассету P2A-EGFP-PGK-Puro-PA в 3`UTR гена Tubb3, что позволяет использовать их для изучения процессов нейральной дифференцировки и трансдифференцировки.

Рисунок 1. Иммунофлуоресцентное окрашивание нейральных клеток полученных в результате дифференцировки трансгенной линии ЭС клеток мыши.

Разработан дизайн генетической конструкции, кодирующей нуклеазу для внесения направленного специфического одно/двуцепочечного разрыва в геноме митохондрий.

Болезни, обусловленные нарушениями в структуре митохондриальной ДНК (мтДНК), представлены широким спектром заболеваний, распределенных по различным нозологическим группам. Общая численность описанных на сегодняшний день в научной литературе болезней митохондриальной этиологии приближается к 400. В настоящее время отсутствуют эффективные способы направленной модификации митохондриального генома в связи с чем данное направление является актуальным и перспективным. Для того чтобы создать систему направленной модификации митохондриального генома на первом этапе была разработана структура генетической конструкции необходимой для внесения разрыва в мтДНК. Карта конструкции представлена на рисунке 2. Данная конструкция содержит ген нуклеазы Cas9 с нуклеотидной последовательностью адаптированной для экспрессии в клетках человека. В 5`-области гена Cas9 располагается «сильный» промотор – CMV и энхансер для активации экспрессии. Также в этой области находятся последовательности митохондриальной локализации (MTS) и 3хFLAG, которые необходимы для доставки Cas9 нуклеазы в митохондрии и её иммунофлуоресцентной детекции, соответственно. В 3`-области Cas9 располагается ген флуоресцентного белка TurboGFP и после него последовательность из 3`-нетранслируемой области гена SOD2, которая необходима для локализации мРНК, образующейся в процессе транскрипции с данной конструкции, рядом с внешней мембраной митохондрий. Такая локализация будет способствовать более эффективному проникновению нуклеазы Cas9 внутрь митохондрий. Помимо этого, разработанная генетическая конструкция содержит вспомогательные элементы для её наработки в бактериях. Разработка данной конструкции позволяет приступить к созданию и характеристике системы для направленной модификации мтДНК.

Рисунок 2. Схема генетической конструкции для направленной модификации митохондриального генома.

5.     Задачи, планируемые на перспективу: 

• Получение трансгенных линий мышей с маркированной экспрессией гена tubb3 для изучения процессов нейрогенеза и трансдифференцировки.
• Разработка методов доставки генетических конструкций и/или их продуктов в митохондрии и оценка эффективности этих методов.
• Характеристика системы направленной модификации митохондриального генома и оценка её эффективности для супрессии мутаций.

Бывшие сотрудники

Совместители

Публикации

2021	Recent Advances in the Development of Exogenous dsRNA for the Induction of RNA Interference in Cancer Therapy Tatiana S. Golubeva, Viktoria A. Cherenko, Konstantin E. Orishchenko MOLECULES, 2021
2019	Future of human mitochondrial DNA editing technologies Verechshagina N, Nikitchina N, Yamada Y, Harashima Н, Tanaka M, Orishchenko K, Mazunin I. Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis, 2019, Mar;30(2):214-221
	Targeted genomic integration of EGFP under tubulin beta 3 class III promoter and mEos2 under tryptophan hydroxylase 2 promoter does not produce sufficient levels of reporter gene expression Aleksei G. Menzorov Konstantin E. Orishchenko Veniamin S. Fishman Anastasia A. Shevtsova Roman V. Mungalov Inna E. Pristyazhnyuk Elena A. Kizilova Natalia M. Matveeva Natalia Alenina Michael Bader Nikolai B. Rubtsov Oleg L. Serov J CELL BIOCHEM, 2019, 120(10):17208-17218
2018	Analysis of the Basic Characteristics of Osteogenic and Chondrogenic Cell Lines Important for Tissue Engineering Implants Astakhova N.M., Korel’ A.V., Shchelkunova E.I., Orishchenko K.E., Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. B EXP BIOL MED+, 2018, 5 March 2018, Pages 1-8
	Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования. Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение, No 1, стр.71-72
	Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, № 3, С.22-36
	Fluorescent labeling of ursolic acid with FITC for investigation of its cytotoxic activity using confocal microscopy T.S. Frolova, A.V. Lipeeva, D.S. Baev, S.I. Baiborodin, K.E. Orishchenko, A.V. Kochetov, O.I. Sinitsyna BIOORG CHEM, 2018
	Оценка эффективности эрадикации стволовых инициирующих раковых клеток на примере первичных культур глиобластомы человека Долгова Е.В., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Тыринова Т.В., Николин В.П., Попова Н.А., Таранов О.С., Ефремов Я.Р., Орищенко К.Е., Завьялов Е.Л., Мишинов С.В., Ступак В.В., Останин А.А., Черных Е.Р., Богачев С.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 19. – №. 6. – С. 1-11
2017	Экспрессия генов цитокинов, антигенов дифференцировки и факторов транскрипции в дендритных клетках человека, активированных двуцепочечной ДНК Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Спасельникова А.В., Риттер Г.С., Вараксин Н.А., Рябичева Т.Г., Леплина О.Ю., Останин А.А., Черных Е.Р., Богачев С.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2017, Т. 21, № 6, стр. 717-727
	Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L. J INTEGR BIOINFORM, 2017, 20170022 DOI: 10.1515/jib-2017-0022
	Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С.19
	Изучение базовых характеристик клеток остеогенного и хондрогенного рядов, значимых для тканевой инженерии имплантов Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Орищенко К.Е., Николаев С.В., Зубаирова У.С, Кирилова И.А. Клеточные технологии в биологии и медицине, 2017, №4, С. 249-257
2016	2.3 THz radiation: Absence of genotoxicity/mutagenicity in Escherichia coli and Salmonella typhimurium Svetlana Sergeeva, Elisaveta Demidova, Olga Sinitsyna, Tatiana Goryachkovskaya, Alla Bryanskaya, Artem Semenov, Irina Meshcheryakova, Grigory Dianov, Vasiliy Popik, Sergey Peltek MUTAT RES-GEN TOX EN, 2016
	Импорт нуклеазы Cas9 в митохондрии К.Е. Орищенко, Ю.К. Софронова, Е.Г. Чупахин, Е.А. Лунeв, И.О. Мазунин Гены и клетки, 2016, №2, Том XI, 100-105
	Non-adherent spheres with multiple myeloma surface markers contain cells that contribute to the sphere formation and are capable of internalizing extracellular double-stranded DNA Dolgova EV, Shevela EY, Tyrinova TV, Minkevich AM, Proskurina AS, Potter EA, Orishchenko KE, Zavjalov EL, Bayborodin SI, Nikolin VP, Popova NA, Pronkina NV, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS CL LYMPH MYELOM LEUK, 2016, pii: S2152-2650(16)30134-3. doi: 10.1016/j.clml.2016.06.014. [Epub ahead of print]
	Five-year disease-free survival among stage II-IV breast cancer patients receiving FAC and AC chemotherapy in phase II clinical trials of Panagen Proskurina AS, Gvozdeva TS, Potter EA, Dolgova EV, Orishchenko KE, Nikolin VP, Popova NA, Sidorov SV, Chernykh ER, Ostanin AA, Leplina OY, Dvornichenko VV, Ponomarenko DM, Soldatova GS, Varaksin NA, Ryabicheva TG, Uchakin PN, Rogachev VA, Shurdov MA, Bogachev SS. BMC CANCER, 2016, 16:651. doi: 10.1186/s12885-016-2711-5
	Detection of Mutations in Mitochondrial DNA by Droplet Digital PCR J. K. Sofronova, Y. Y. Ilinsky, K. E. Orishchenko, E. G. Chupakhin, E. A. Lunev, I. O. Mazunin BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2016, Vol. 81, No. 10, pp. 1031-1037.
	Characterization of avian paramyxovirus type 6 isolated from a Eurasian teal in the intersection of migratory flyways in Russia Sobolev I.A., Sharshov K., Yurchenko K., Korneev D., Glushchenko A., Alikina T., Kabilov M., Bi Y., Liu W., Gubanova N., Shestopalov A. ARCH VIROL, 2016, 161(11), pp. 3275-9
	Complete genome sequences of two Newcastle disease virus strains isolated from a wild duck and a pigeon in Russia Kabilov M.R., Alikina T.Y., Yurchenko K.S., Glushenko A.V., Gunbin K.V., Shestopalov A.M., Gubanova N.V. Genome Announcements, 2016, 4(6):e01348-16
2015	Онколитические свойства вируса болезни Ньюкасла Юрченко К.С., Губанова Н.В., Шестопалова Л.В., Шестопалов А.М. Тихоокеанский медицинский журнал, 2015, №3. С.: 14-18.
	Возможности бор-нейтронозахватной терапии в лечении злокачественных опухолей головного мозга Каныгин В.В., Кичигин А.И., Губанова Н.В., Таскаев С.Ю. Вестник Рентгенологии и Радиологии, 2015, №6. С.: 36-42.
	Influence of Antioxidant SkQ1 on Accumulation of Mitochondrial DNA Deletions in the Hippocampus of Senescence-Accelerated OXYS Rats P. S. Loshchenova, O. I. Sinitsyna, L. A. Fedoseeva, N. A. Stefanova, and N. G. Kolosova BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2015, V ol. 80, No. 5, pp. 596-603
	НАКОПЛЕНИЕ ДЕЛЕЦИЙ В ДНК МИТОХОНДРИЙ ГИППОКАМПА ПРЕЖДЕВРЕМЕННО СТАРЕЮЩИХ КРЫС OXYS И ВЛИЯНИЕ НА НЕГО АНТИОКСИДАНТА SkQ1 П.С. Лощенова, О.И. Синицына, Л.А. Федосеева, Н.А. Стефанова, Н.Г. Колосова BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2015, том 80, вып. 5, с. 707 – 715
	Activity of Heat Shock Genes’ Promoters in Thermally Contrasting Animal Species Lyubov N. Astakhova, Olga G. Zatsepina, Sergei Yu. Funikov, Elena S. Zelentsova, Natalia G. Schostak, Konstantin E. Orishchenko, Michael B. Evgen’ev, David G. Garbuz PloS One, 2015, V.10, p. e0115536
	Cell divisions are not essential for the direct conversion of fibroblasts into neuronal cells VS Fishman, TA Shnayder, KE Orishchenko, M Bader, N Alenina and OL Serov CELL CYCLE, 2015, 14 (8) 1188-1196
	Results of multicenter double-blind placebocontrolled phase II clinical trial of Panagen preparation to evaluate its leukostimulatory activity and formation of the adaptive immune response in patients with stage II-IV breast cancer Anastasia S Proskurina, Tatiana S Gvozdeva, Ekaterina A Alyamkina, Evgenia V Dolgova, Konstantin E Orishchenko, Valeriy P Nikolin, Nelly A Popova, Sergey V Sidorov, Elena R Chernykh, Alexandr A Ostanin, Olga Y Leplina, Victoria V Dvornichenko, Dmitriy M Ponomarenko, Galina S Soldatova, Nikolay A Varaksin, Tatiana G Ryabicheva, Stanislav N Zagrebelniy, Vladimir A Rogachev, Sergey S Bogachev and Mikhail A Shurdov BMC CANCER, 2015, 15:122 DOI 10.1186/s12885-015-1142-z
2014	Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Mathematical Biology & Bioinformatics, 2014, Т. 9, N 2, С. 534-542
	The study of oncolytic properties of Newcastle disease virus strains isolated from birds Yurchenko K. S., Glushchenko A. V., Romaschenko A. V., Shestopalova L. V., Shestopalov A. M., Gubanova N. V. HUM GENE THER, 2014, Vol. 25, Iss. 12, P.: 9-10
	Изучение онколитических свойств природных изолятов вируса болезни Ньюкасла Юрченко К.С., Глущенко А.В., Губанова Н.В., Ромащенко А.В. Сибирский онкологический журнал, 2014, № S1. С. 133-134.
	СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОЛНЫХ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК КРЫС ЛИНИЙ WISTAR И OXYS ПИТОМНИКА ЛАБОРАТОРНЫХ ЖИВОТНЫХ ИЦИГ СО РАН Р.А. Максютов, Е.В. Гаврилова, Т.С. Непомнящих, У.Н. Роцкая, П.С. Лощенова, Н.Г. Колосова, О.И. Синицина, С.Н. Щелкунов Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, том 18, No 3, с. 437-445
2013	Структурно-функциональные основы ускоренной инволюции тимуса у крыс OXYS Л. А. Обухова, В. Б. Вайс, Л. Е. Бакеева, С. В. Сергеева, Н. Г. Колосова Успехи геронтологии, 2013, Т. 26. № 2. С. 229–235
	Соматические мутации в гене цитохрома b митохондриальной ДНК гиппокампа крыс линии Wistar Лощенова П.С., Рогозин И. Б., Роцкая У.Н., Малярчук Б.А., Невинский Г.А., Синицына О. И. Экологическая генетика, 2013, Том ХI, №2
2012	Эффекты дексаметазона на развитие неонатальных крысят и уровень активной каспазы-3 в коре мозга Меньшанов П.Н., Музыка В.В., Дыгало Н.Н. B EXP BIOL MED+, 2012, Т.153, №4, сс. 467-469
	ВЗАИМОСВЯЗЬ BDNF И ЕГО ПРОФОРМЫ С УРОВНЕМ АКТИВНОЙ КАСПАЗЫ3 В ОТДЕЛАХ ГОЛОВНОГО МОЗГА НЕОНАТАЛЬНЫХ КРЫС В.В.Музыка, П.Н.Меньшанов, А.В.Баннова, Н.Н.Дыгало NEUROCHEM J+, 2012, Т.29, №4, сс 278-282
2011	Stability and reactivity of free radicals: a physicochemical perspective with biological implications. Tatiana Yu. Karogodina, Svetlana V. Sergeeva, and Dmitri V. Stass. HEMOGLOBIN, 2011, Volume 35, Number 3, pp 262-275, ISSN: 0363-0269 print/1532-432X
	Kinetic magnetic field effect involving small biologically relevant inorganic radicals NO and O2-- T.Yu. Karogodina, I. G. Dranov, S.V. Sergeeva, U. E. Steiner, and D. V. Stass. PHYS CHEM CHEM PHYS, 2011, 12(9):1714-28
	Магнитный эффект в реакции рекомбинации радикалов оксида азота и супероксид-аниона в сильном поле Т. Ю. Карогодина, С. В. Сергеева, Д. В. Стась, У. E. Штайнер (U.E.Steiner) Doklady Akademii Nauk, 2011, том 436, № 2, с. 207–209
	Magnetic Field Effect on Recombination of Nitric Oxide and Superoxide Anion in High Magnetic Field. T.Yu. Karogodina, S.V.Sergeeva, D.V. Stass, and U. E. Steiner DOKL PHYS CHEM, 2011, Doklady Physical Chemistry, 2011, Vol. 436, Part 1, pp. 5–7. ISSN 0012_5016, Pleiades Publishing, Ltd., 2011. Published in Russian in Doklady Akademii Nauk, 2011, Vol. 436, No. 2, pp. 207–209.
2009	Magnetic Field Effect in the Reaction of Recombination of Nitric Oxide and Superoxide Anion Karogodina TY, Sergeeva SV, Stass DV APPL MAGN RESON, 2009, V.36 I:2-4 P: 195-208
2007	Early-life hypoxia in the development of behavioral dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats and its correction with antioxidants Korbolina E.E., Agafonova I.G., Sergeeva S.V., Trofimova N.A., Mishenko N.P., Kolosova N.G. Adv. Gerontol, 2007, Vol. 20. N 3. P. 46-48.
2006	Development of behavioural dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats is associated with early postnatal alterations in brain phosphate metabolism Sergeeva S.V., Bagryanskaya E.G., Korbolina E.E., Kolosova N.G. EXP GERONTOL, 2006, 41(2):141-50.
	Long-term antioxidant suplementation attenuates oxidative stress markers and cognitive deficits in senescent-accelerated OXYS rats Kolosova N.G., Shcheglova T.V., Sergeeva S.V., Loskutova L.V. NEUROBIOL AGING, 2006, 27(9):1289-97
2005	19F NMR measurements of NO production in hypertensive ISIAH and OXYS rats. Bobko AA, Sergeeva SV, Bagryanskaya EG, Markel AL, Khramtsov VV, Reznikov VA, Kolosova NG Biochem Biophys Res Commun, 2005, 330(2):367-70.
	Increased stress reactivity as a possible factor of early degenerative changes in OXYS rats. Kolosova NG, Trofimova NA, Shcheglova TV, Sergeeva SV. B EXP BIOL MED+, 2005, 139(4):397-9.

Монографии

2010	OXYS rats: a prospective model for evaluation of antioxidant availability in prevention and therapy of accelerated aging and age-related cognitive decline. Handbook of cognitive aging: causes process and effects. N.G.Kolosova, N.A.Stefanova, S.V.Sergeeva.

Конференции

2019	Адаптация системы CRISPR/Cas9 для направленных манипуляций с митохондриальным геномом человека Закирова Э.Г., Верещагина Н.А., Мазунин И.О., Орищенко К.Е. XXVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов»
	Итоги многолетних исследований наследственной глухоты у коренного населения Сибири: от эпидемиологии до молекулярной генетики, клеточной биологии и компьютерного моделирования. Посух О.Л.,Барашков Н.А., Зыцарь М.В., Бады-Хоо М.С., Данильченко В.Ю., Маслова Е.А., Пшенникова В.Г., Романов Г.П., Соловьёв А.В., Кларов Л.А., Федорова С.А., Терютин Ф.М., Лашин С.А., Орищенко К.Е., Морозов И.В., Бондарь А.А. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
	Комплексная оценка патогенетической значимости нового варианта с.516G>C гена GJB2, ассоциированного с потерей слуха у коренного населения Южной Сибири. Маслова Е.А., Бады-Хоо М.С., Зыцарь М.В., Орищенко К.Е., Посух О.Л. VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. 18-22 июня 2019г, Санкт-Петербург.
2018	Nonthermal impact of terahertz (THz) radiation on living systems S.E. Peltek, I.A. Meshcheryakova, T.N. Goryachkovskaya, E.V. Kiseleva, A.S. Rozanov, E.V. Demidova, K.V. Starostin, A.V. Bryanskaya, S.V. Sergeeva,P.S. Loshenova, D.Y. Oshchepkov, E.A. Demidov, G.L. Dianov, M.A. Logarkova, S.L. Kiselev, M. Timofeeva, N.A. Vinokurov, V.M. Popik, M.A. Scheglov 11th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology” — BGRS\SB-2018
	Computer analysis of alternative splicing events by RNA-seq data in brain cells V.N. Babenko, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, A.O. Bragin,G.V. Vasiliev, Yu.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Cell-free RNA studies in cancer based on T oligo-primed polymerase chain reaction (TOP-PCR) technology K.-P.Chiu, N.V. Gubanova, A.V. Tsukanov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
	Alternative splicing in transcriptomes of glioma cell cultures N.V. Gubanova, A.O. Bragin, A.G. Bogomolov, S.S. Kovalev, Y.L. Orlov Integrative Bioinformatics and Systems Biology (WIBSB-2018): First Sino-Russian Workshop
2017	Modified CRISPR/Cas9 system shifts down mtDNA copy number Natalya Verechshagina, Konstantin Orishchenko, Anastasia Shevtsova, Natalia Nikitchina, Ilia Mazunin EMBO/FEBS Advanced lecture Course "Mitochondria in Life, Death and Diseases"
	Получение линии эмбриональных стволовых клеток мыши с маркированной GFP экспрессией бета-тубулина класса 3 А.Г. Мензоров, К.Е. Орищенко, А.А. Шевцова, Е.А. Кизилова, А.Н. Голубица, А.И. Железова, Н.М. Матвеева, Н.Р. Баттулин, Н.Б. Рубцов, О.Л. Серов Международная конференция Беляевские чтения, посвященной 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева
	Анализ альтернативного сплайсинга в глиомах с помощью секвенирования транскриптом Брагин А.О., Губанова Н.В., Ковалев С.С., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. Вторая Международная научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике 2017»
2016	РЕЗУЛЬТАТЫ II ФАЗЫ КЛИНИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ ПРЕПАРАТА «ПАНАГЕН» И ДАННЫЕ ПО 5-ЛЕТНЕЙ БЕЗРЕЦИДИВНОЙ ВЫЖИВАЕМОСТИ ПАЦИЕНТОВ, УЧАСТВОВАВШИХ В ИССЛЕДОВАНИИ С.С. Богачев, А.С. Проскурина, Т.С. Гвоздева, Е.А. Поттер, Е.В. Долгова, К.Е. Орищенко, В.П. Николин, Н.А. Попова, Е.Р. Черных, А.А. Останин, О.Ю. Леплина, Н.А. Вараксин, Т.Г. Рябичева, В.В. Дворниченко, Д.М. Пономаренко, С.В. Сидоров. XIII ВСЕРОССИЙСКАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ С МЕЖДУНАРОДНЫМ УЧАСТИЕМ «ОТЕЧЕСТВЕННЫЕ ПРОТИВООПУХОЛЕВЫЕ ПРЕПАРАТЫ» памяти А.Ю. Барышникова
	Nonthermal impact terahertz radiation on the living systems I.A.Mescheryakova, E.V.Demidova, T.N.Goryachkovskaya, E.A.Demidov, A.V.Bryanskaya, S.V.Sergeeva, S.L.Kiselev, M.A. Lagarkova, G.N.Kulipanov, A.I.Semenov, N.A.Vinokurov, N.A.Kolchanov, V.M.Popik, S.E.Peltek Десятая Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology), BGRS\SB-2016
	СОЗДАНИЕ 3D ТКАНЕИНЖЕНЕРНОГО КОНСТРУКТА ДЛЯ РЕГЕНЕРАЦИИ КОСТИ В ТРАВМАТОЛОГИИ И ОРТОПЕДИИ Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Николаев С.В., Орищенко К.Е., Кирилова И.А. Биомедицина-2016
	Study of osteogenic cells motility for tissue engineering protocols design. Astakhova N.M., Nikolaev S.V., Orishchenko K.E., Korel A.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A. SBIOMED-2016
2014	Evaluation of micronucleation and viability of glioma cells in vitro neutron beams irradiated N. Gubanova, V. Kanygin, A. Kichigin, S. Taskaev 16th International Congress on Neutron Capture therapy
	Создание новой трансгенной линии мышей для изучения процессов нейрогенеза Орищенко* К.Е., Мензоров А.Г., Баттулин Н.Р., Кизилова Е.А., Пристяжнюк И.Е., Голубица А.Н., Железова А.И., Матвеева Н.М., Фишман В.С., Шевцова А.А., Рубцов Н.Б., Серов О.Л. VI Съезд ВОГИС
	Первичные культуры клеток как модель для исследования глиальных опухолей человека Ю. С. Макушева, Н. В. Рубцова, Н. В. Губанова, А. С. Гайтан, А. Л. Кривошапкин, В. А. Мордвинов I Международная конференция молодых ученых:биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов
2013	SOMATIC POINT MUTATIONS IN THE PROTEIN-CODING REGION OF MITOCHONDRIAL DNA OBTAINED FROM HIPPOCAMPUS OF WISTAR RATS Лощенова Полина Сергеевна, Рогозин Игорь Борисович, Малярчук Борис Аркадьевич, Синицына Ольга Ивановна Нестабильность генома, Эволюция и Заболевания человека
	ВОЗРАСТНАЯ ДИНАМИКА ЧАСТОТЫ СОМАТИЧЕСКИХ ТОЧКОВЫХ МУТАЦИЙ В БЕЛОК-КОДИРУЮЩЕМ РАЙОНЕ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК ГИППОКАМПА КРЫС ЛИНИИ WISTAR. Лощенова П. С., Синицына О. И. VI ВСЕРОССИЙСКИЙ С МЕЖДУНАРОДНЫМ УЧАСТИЕМ КОНГРЕСС МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ-БИОЛОГОВ «СИМБИОЗ – РОССИЯ 2013»
	ВЛИЯНИЕ АНТИОКСИДАНТОВ НА ЧАСТОТУ НУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН В БЕЛОК-КОДИРУЮЩЕМ РАЙОНЕ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК ГИППОКАМПА КРЫС ЛИНИИ WISTAR. Лощенова П. С., Стефанова Н. А., Колосова Н.Г., Синицына О. И. Международная научно-практическая конференция «Свободные радикалы и антиоксиданты в химии, биологии и медицине»
2012	ВЛИЯНИЕ ГЛЮКОКОРТИКОИДОВ НА ЭКСПРЕССИЮ МОЗГОВОГО НЕЙРОТРОФИЧЕСКОГО ФАКТОРА (BDNF) В ОТДЕЛАХ ГОЛОВНОГО МОЗГА НЕОНАТАЛЬНЫХ КРЫС Музыка В.В., Меньшанов П.Н., Дыгало Н.Н. VII Сибирский съезд физиологов «Физиология – медицине»
2011	ОТНОСИТЕЛЬНОЕ КОЛИЧЕСТВО МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК И МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДЕЛЕЦИИ В ГИППОКАМПЕ КРЫС ЛИНИЙ OXYS И WISTAR В ПРОЦЕССЕ СТАРЕНИЯ Лощенова Полина Сергеевна Роцкая Ульяна Николаевна Синицына Ольга Ивановна VIII Международная конференция "Молекулярная генетика соматических клеток"
	ВИТАМИН Е И SKQ ПРЕДОТВРАЩАЮТ НАКОПЛЕНИЕ ДЕЛЕТИРОВАННОЙ мтДНК В ГИППОКАМПЕ КРЫС ПРИ ПРЕЖДЕВРЕМЕННОМ СТАРЕНИИ Лощенова Полина Сергеевна Роцкая Ульяна Николаевна Синицына Ольга Ивановна Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика, г. Новосибирск, 14-17 ноября 2011 г.
	Magnetic Field Effect Involving Small Biologically Relevant Inorganic Radicals NO and O2- T. Yu. Karogodina, I.G. Dranov, S.V. Sergeeva, D. V. Stass and U.E. Steiner The 4th International Conference on Magnetoscience ICMS 2011, Shanghai and Xi’an, China, October 9-15, 2011, Proceedings, p. 33.
2010	Экспрессия BDNF и белков апоптоза в гиппокампе крысят при воздействии глюкокортикоидами В. В. Музыка XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.
	Экспрессия нейротрофического фактора BDNF в головном мозге неонатальных крыс: эффекты стероидных гормонов Музыка В.В., Меньшанов П.Н., Дыгало Н.Н. ХХI Съезд Физиологического общества им. И.П. Павлова. Калуга, 19-25 сентября
	Эффекты гидрокортизона на экспрессию белков апоптоза в гиппокампе неонатальных крыс Меньшанов П.Н., Музыка В.В., Баннова А.В., Калинина Т.С., Дыгало Н.Н. ХХI Съезд Физиологического общества им. И.П. Павлова. Калуга, 19-25 сентября
2008	Magnetic Field Effects in the Reaction of Recombination of Nitric Oxide and Superoxide Anion Karogodina T.Y., Stass D.V. and Sergeeva S.V. 1st International Conference RAHMS: Recent Advances in Health and Medical Sciences, Paphos, Cyprus, March 7-12, 2008
	Magnetic Field Effects In The Reaction Of Recombination Of Nitric Oxide And Superoxide Anion Karogodina T.Y., Sergeeva S.V., Stass D.V. 6th Asia Pacific EPR/ESR Society Symposium APES 2008, Cairns, Australia, 13-18 July, 2008
2007	Searching for Magnetic Field Effects in the Recombination of Rapidly Relaxing Biologically Relevant Radicals Stass D.V., Karogodina T.Yu., Sergeeva S.V. International Conference on Magneto-Science ICMS2007, Hiroshima, Japan, November 11-15, 2007
2006	Searching for Magnetic Field Effects in Recombination of Nitric Oxide and Superoxide Anion Karogodina T.Yu., Sergeeva S.V., Stass D.V. 5th Asia-Pacific EPR/ESR Symposium APES 2006, Novosibirsk, Russia, August 24-27,2006
	Поиск магнитных эффектов в реакции рекомбинации оксида азота и супероксид-радикала Карогодина Т.Ю., Стась Д.В., Сергеева С.В. XVIII симпозиум "Современная химическая физика", Туапсе 22

Гранты

2017	Изучение разнообразия генетического контроля наследуемой потери слуха у коренного населения Сибири и создание специфичной панели генов для персонифицированного ДНК-тестирования РФФИ, номер гранта 17-29-06016-офи_м
2016	Нормализация кариотипа индуцированных плюрипотентных стволовых клеток как основы хромосомной терапии болезней человека РНФ, номер гранта No16-15-10231
	Комплексный анализ экспрессии генов в мозге ручных лисиц: исследование на уникальной селекционной модели доместикации РНФ, номер гранта 16-14-10216
2015	Влияние постоянного магнитного поля на индуцируемый свободными радикалами мутагенез в бактериальных штаммах с нарушенной системой репарации ДНК и антиоксидантной защиты РФФИ, номер гранта 15-04-05646 А
2014	Исследование механизмов онколитического действия природных штаммов вируса болезни Ньюкасла. РФФИ, номер гранта 14-04-01196
2013	Анализ роли белков АР-1 комплекса в регуляции экспрессии гена тирозингидроксилазы в головном мозге при действии глюкокортикоидов и гипоксии в раннем онтогенезе РФФИ, номер гранта 13-04-01104 А
2012	Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН «Молекулярные механизмы функционирования защитно-репарационных систем человека; разработка дифференциальных комплексных методов диагностики и терапии заболеваний с аутоиммунными, онкологическими патологиями и заболеваниями пожилого возраста» Президиум СО РАН, номер гранта 59
	Междисциплинарный интеграционный проект СО РАН "Магнитные эффекты в биологически значимых системах" СО РАН, номер гранта 71
	Окислительный стресс и мутагенез митохондриальной ДНК соматических клеток при преждевременном старении и патологиях Российский фонд фундаментальных исследований, номер гранта 12-04-01495
	Анализ экспрессии пронейротрофина proBDNF в формирующемся мозге и его роли в ходе нормального развития и на фоне экзогенной и эндогенной стимуляции апоптоза РФФИ, номер гранта 12-04-31081 мол_а
2005	Исследование редокс-зависимых механизмов преждевременного старения крыс OXYS РФФИ, номер гранта 05-04-48483-а

Научное руководство

2018	Оценка функциональной значимости вариантов последовательности гена GJB2, ассоциированных с потерей слуха у коренного населения Сибири. Маслова Екатерина Александровна , 2018-06-02

Патенты

2018	База данных «Дифференциальный альтернативный сплайсинг генов человека при вторичной глиобластоме (ДАСГГ)» / «Differential Alternative Splicing of Human Genes in secondary Glioblastome (DASGG)» Брагин А.О., Губанова Н.В., Бабенко В.Н., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л. Номер патента Свидетельство о госрегистрации № 2018621416
	Генетическая конструкция pMitoAsCpf1, кодирующая нуклеазу AsCpf1 с детерминантной импорта в митохондрии клеток человека Орищенко Константин Евгеньевич, Мазунин Илья Олегович, Верещагина Наталья Александровна, Никитчина Наталья Артуровна Номер патента 2662994
	Штамм вируса болезни Ньюкасла NDVH-2 для изучения возможности разработки на его основе вирусного онколитического препарата Губанова Н.В., Юрченко К.С., Глущенко А.В., Шаршов К.А., Змиевский А.В., Шестопалов А.М. Номер патента 2644676
2017	Генетическая конструкция на основе системы редактирования генома Сrispr/Сas9, кодирующая нуклеазу CAS9, специфически импортируемую в митохондрии клеток человека Орищенко Константин Евгеньевич, Мазунин Илья Олегович Номер патента 2634395