 |
Publications
| 2023 |
Integrating omics databases for enhanced crop breeding
Chao H, Zhang S, Hu Y, Ni Q, Xin S, Zhao L, Ivanisenko VA, Orlov YL, Chen M
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Short Interrupted Repeat Cassette (SIRC)—Novel Type of
Repetitive DNA Element Found in Arabidopsis thaliana
Gorbenko I.V., Petrushin I.S., Shcherban A.B., Orlov Yu.L., Konstantinov Yu.M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Editorial: Association Between Individuals’ Genomic Ancestry and Variation in Disease Susceptibility
Ranajit Das, Tatiana V. Tatarinova, Elvira R. Galieva, Yuriy L. Orlov
[Frontiers in Genetics]
|
|
Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics
Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M.
[INT J MOL SCI]
|
| 2021 |
Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome
Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y.
[Cell Death Discovery]
|
|
Medical Genetics, Genomics and Bioinformatics Aid in Understanding Molecular Mechanisms of Human Diseases
Yuriy L. Orlov, Anastasia A. Anashkina, Vadim V. Klimontov, Ancha V. Baranova
[INT J MOL SCI]
|
|
Biodistribution of 10B in Glioma Orthotopic Xenograft Mouse Model after Injection of L-para-Boronophenylalanine and Sodium Borocaptate
Natalya V. Gubanova, Alphiya R. Tsygankova, Evgenii L. Zavjalov, Alexander V. Romashchenko, Yuriy L. Orlov
[Biomedicines]
|
|
Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume I
Yuriy L. Orlov, Tatiana V. Tatarinova, Nina Y. Oparina, Elvira R. Galieva,Ancha V. Baranova
[Frontiers in Genetics]
|
|
Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools
Natalya V. Gubanova, Nina G. Orlova, Arthur I. Dergilev, Nina Y. Oparina, Yuriy L. Orlov
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development
Anastasia A. Anashkina, Elena Y. Leberfarb, Yuriy L. Orlov
[INT J MOL SCI]
|
|
ПОЛИМОРФИЗМ ВАРИАНТОВ ГЕНА N-АЦЕТИЛТРАНСФЕРАЗЫ 2 (NAT2)
И АНАЛИЗ ГЕННОЙ СЕТИ.
Тийс Роза Павловна, Осипова Людмила Павловна,Галиева Эльвира Расимовна, Личман Дарья Вениаминовна, Воронина Елена Николаевна,Мелихова А. В., Орлов Юрий Львович, Филипенко Максим Леонидович
[Биомедицинская химия]
|
| 2020 |
Comparative Expression Analysis of Stress-Inducible Candidate Genes in Response to Cold and Drought in Tea Plant
Lidiia S. Samarina, Alexandr V. Bobrovskikh, Alexey V. Doroshkov,Lyudmila S. Malyukova, Alexandra O. Matskiv, Ruslan S. Rakhmangulov, Natalia G. Koninskaya, Valentina I. Malyarovskaya, Wei Tong, Enhua Xia, Karina A. Manakhova, Alexey V. Ryndin, Yuriy L. Orlov
[Frontiers in Genetics]
|
|
Genetics researches at the “Centenary of human population genetics” conference and SBB-2019
Tatarinova TV, Tabikhanova LE, Eslami G, Bai H, Orlov YL
[BMC GENET]
|
| 2019 |
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats
Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E.
[BMC GENOMICS]
|
|
Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке
Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю.
[Гены и клетки]
|
|
Проблемы сохранения in vitro гермоплазмы цитрусовых
В.М. Горшков, Л.С. Самарина, Р.В. Кулян, В.И. Маляровская, А.В. Рындин, Р.С. Рахмангулов, Ю.Л. Орлов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Тестирование безопасности продуктов из генетически модифицированного риса: экспериментальное исследование на крысах Спраг-Доули
Ширдели М., Орлов Ю.Л., Ислами Г., Хаджимохаммади Б., Табиханова Л.Э., Ихрампуш М.Х., Резвани М.Э., Фаллахзаде Х., Занди Х., Хоссейни С.С., Ахмадиан С., Мортазави Ш., Фаллахи Р., Асади-Юсефабад С.Л.
[Генетика]
|
|
Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов
Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, Ю.П.Белоусова, Н.Г.Орлова, Е.Ю.Леберфарб
[Гены и клетки]
|
| 2018 |
CpG islands’ clustering uncovers early development genes in the human genome
Babenko V.N. , Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L.
[COMPUT SCI INF SYST]
|
|
Novel read density distribution score shows possible aligner artefacts, when mapping a single chromosome
Fedor M. Naumenko, Irina I. Abnizova, Nathan Beka, Mikhail A. Genaev, Yuriy L. Orlov
[BMC GENOMICS]
|
|
Heterogeneity of brain ribosomal genes expression following repeated experience of aggression in male mice as revealed by RNA-Seq
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Yu.L., Babenko V.N., Kudryavtseva N.N.
[MOL NEUROBIOL]
|
|
Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017)
Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования.
Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Генетические исследования мультифакторных заболеваний: системно-биологические подходы
Хантемирова М.Р., Табиханова Л.Э., Орлов Ю.Л., Осипова Л.П.
[Гены и клетки]
|
|
Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных
Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Компьютерные средства анализа регуляции экспрессии генов и альтернативного сплайсинга
Дергилев А.И., Табанюхов К.А., Цуканов А.В., Брагин А.О., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Программы статистической обработки, кластеризации и визуализации распределения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме
Цуканов А.В., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Орлов Ю.Л
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Развитие образования в биоинформатике по материалам, представленным на студенческих конференциях МНСК-2018, Школе молекулярного моделирования и Хакатоне в Новосибирске
Орлов Ю. Л., Бакулина А. Ю.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Реконструкция геномного распределения кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов, связанных с поддержанием плюрипотентности.
Цуканов А.В., Дергилев А.И., Богомолов А.Г., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
| 2017 |
Biology at Belyaev Conference - 2017
Orlov Y.L., Baranova A.V., Herbeck Y.E.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Genetics at Belyaev Conference – 2017: introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Tatarinova T.V., Kolchanov N.A.
[BMC GENET]
|
|
Plant Biology at Belyaev Conference – 2017
Yuriy L. Orlov, Ancha V. Baranova, Ming Chen, Elena A. Salina
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies
Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
|
|
Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data
Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
|
|
Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets
Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing
Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y.
[Journal of Proteomics and Bioinformatics]
|
|
Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events
Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary
Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Evolutionary biology at BGRS\SB-2016
Baranova A.V., Orlov Y.L.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome
Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants
Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen
[Genomics, Proteomics and Bioinformatics]
|
|
Serotonergic genes in the development of anxiety/depression-like state and pathology of aggressive behavior in male mice: RNA-seq data.
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Vishnivetskaya G.B., Babenko V.N., Orlov Yu.L
[Molecular Biology]
|
|
Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс
В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов
[Molecular Biology]
|
|
Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая
Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
|
|
Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая
Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
|
|
Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования
Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г.
[Биомедицинская химия]
|
|
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene
А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов
[Програмные системы: теория и приложения]
|
|
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
|
|
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Серотонергические гены в развитии тревожно/депрессивного расстройства и патологии агрессивного поведения у самцов мышей: Данные RNA-seq
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Вишнивецкая Г.Б., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Molecular Biology]
|
|
Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании
Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
|
| 2016 |
Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence
Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y.
[Procedia Computer Science]
|
|
Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Computational plant bioscience at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Salina E.A.
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads
te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat.
Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hippocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq.
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N.
[NEURAL PLAST]
|
|
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome.
Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
|
|
Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N.
[EUR NEUROPSYCHOPHARM]
|
|
Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения
Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Изменение экспрессии дофаминергических генов в структурах мозга самцов мышей под влиянием хронического социального стресса: данные RNA-seq
Коваленко Ирина Леонидовна, Смагин Дмитрий Александрович, Галямина Анна Георгиевна, Орлов Юрий Львович, Кудрявцева Наталия Николаевна
[Molecular Biology]
|
|
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq
Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций
Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates
Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China.
Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N.
[Journal of Diabetes Research]
|
|
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.)
Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse
[PLANT PHYSIOL]
|
|
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue
Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene
Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova
[J BIOSCIENCES]
|
|
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы
О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы
Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК
Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М.
[Программные системы: теория и приложения]
|
|
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека
Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
ChIP-seq данные и их анализ
Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А.
[Молекулярная и прикладная генетика]
|
|
Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы
Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ
О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина
Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats
Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova
[BIOGERONTOLOGY]
|
|
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish
Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S.
[PLOS GENET]
|
|
Introductory note for BGRS-2012 special issue
Kolchanov N.A., Orlov Y.L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2012 |
3С-методы в исследованиях пространственной организации генома
Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения
О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions
Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim
[PLOS GENET]
|
|
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA
Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов
Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 1993 |
SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites.
Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[Comput. Appl. Biosci.]
|
|
|
