Irina Chadaeva Department: Sector of Computational Regulatory Genomics Room: 1311 Email: ichadaeva@bionet.nsc.ru Work phone: +7 (383) 363-49-63*1311

Publications

2024	A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel [INT J MOL SCI]
	AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Candidate SNP markers significantly altering the affinity of the TATA-binding protein for the promoters of human genes associated with primary open-angle glaucoma Zolotareva K, Dotsenko P, Podkolodnyy N, Ivanov R, Makarova A-L, Chadaeva I, Bogomolov A, Demenkov P, Ivanisenko V, Oshchepkov D, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
2023	Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M [INT J MOL SCI]
	RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2022	An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. [INT J MOL SCI]
	Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. [INT J MOL SCI]
	Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. [INT J MOL SCI]
	Differential expression of 10 genes in the hypothalamus of two generations of rats selected for a reaction to humans Климова Н.В., Чадаева И.В., Шихевич С.Г., Кожемякина Р.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. [Frontiers in Genetics]
	Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. [Animals]
2020	Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. [INT J MOL SCI]
	Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. [BMC GENET]
	Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders. Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L. [BMC MED GENET]
	Кандидатные SNP-маркеры, изменяющие сродство ТВР к промоторам Y-связанных генов CDY2A, SHOX, ZFY, снижают ряд показателей репродуктивного потенциала мужчин. Пономаренко М.П., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Осадчук Л.В., Осадчук А.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2019	A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. [Frontiers in Genetics]
	Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. [Frontiers in Genetics]
	Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. [Генетика]
	Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2018	Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. [BMC GENOMICS]
	Компьютерная база данных для анализа дифференциально экспрессирующихся генов, связанных с агрессивным поведением, на моделях лабораторных животных Анатолий Олегович Брагин, Кирилл Александрович Табанюхов, Ирина Витальевна Чадаева, Антон Витальевич Цуканов, Роман Олегович Бабенко, Ирина Вадимовна Медведева, Антон Геннадьевич Богомолов, Владимир Николаевич Бабенко, Юрий Львович Орлов [Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
2017	Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L. [Acta Naturae]
	Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N [Frontiers in Aging Neuroscience]
	Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L. [J INTEGR BIOINFORM]
	Genomic landscape of CpG rich elements in human genome Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. [BMC EVOL BIOL]
	SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. [Front Biosci (Schol Ed)]
	Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов [Molecular Biology]
	Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов [Програмные системы: теория и приложения]
	Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л. [Программные системы: теория и приложения]
	Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко [Vavilov journal of genetics and breeding]
2016	Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L. [J INTEGR BIOINFORM]
	Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. [BMC GENOMICS]
	Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov [Biomed Res Int]
	Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome. Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Вычислительные проблемы анализа ошибок коротких прочтений ДНК при секвенировании следующего поколения Р. те Боекхорст, Ф.М. Науменко, Н.Г. Орлова, Э.Р. Галиева, А.М. Спицина, И.В. Чадаева, Ю.Л. Орлов, И.И. Абнизова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2015	Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л. [Vavilov journal of genetics and breeding]