 |
Publications
| 2024 |
AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L.
Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
| 2023 |
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Human_SNP_TATAdb – база данных о SNP, статистически достоверно изменяющих сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека: полногеномный анализ и варианты использования.
Филонов С.В., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Пономаренко П.М., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
RatDEGdb: a knowledge base of differentially expressed genes in the rat as a model object in biomedical research
Chadaeva I.V., Filonov S.V., Zolotareva K.A., Khandaev B.M., Ershov N.I., Podkolodnyy N.L., Kozhemyakina R.V., Rasskazov D.A., Bogomolov A.G., Kondratyuk E.Yu., Klimova N.V., Shikhevich S.G., Ryazanova M.A., Fedoseeva L.A., Redina О.Е., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G., Markel A.L., Ponomarenko M.P., Oshchepkov D.Yu.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований
Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
On a Numerical Model of a Circadian Oscillator
A. A Akinshin, N. B Ayupova, V. P Golubyatnikov,
N. E Kirillova, O. A Podkolodnaya, and N. L Podkolodnyy
[Numerical Analysis and Applications]
|
|
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ.
Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
Об условиях существования циклов в двух базовых моделях циркадного осциллятора млекопитающих
Голубятников В. П., Подколодная О. А., Подколодный Н. Л., Аюпова Н. Б., Кириллова Н. Е., Юношева Е. В.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
| 2018 |
Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих
О.А. Подколодная, Н.Н. Твердохлеб, Н.Л. Подколодный
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота
Н.С. Юдин , Н.Л. Подколодный, Т.А. Агаркова, Е.В. Игнатьева
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Сytoscape – плагин для построения структурных моделей биологических сетей в виде случайных графов
Подколодный Н.Л., Гаврилов Д.А., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
| 2017 |
Computational modeling of the cell autonomous mammalian circadian oscillator
Podkolodnaya O.A., Tverdokhleb N.N., Podkolodnyy N.L.
[BMC SYST BIOL]
|
|
Анализ циркадного ритма биологических процессов в печени и почках мыши
Подколодный Н.Л. Твердохлеб Н.Н. Подколодная О.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2016 |
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes.
Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov
[Biomed Res Int]
|
|
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock.
Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth
Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Математическая модель циркадного осциллятора млекопитающих: взаимодействие с системой NAD+/SIRT1 и возрастные изменения экспрессии генов циркадного осциллятора
Подколодный Н.Л., Твердохлеб Н.Н., Подколодная О.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПРОБЛЕМЫ ДОСТУПА К ДАННЫМ В ИССЛЕДОВАНИЯХ С ИНТЕНСИВНЫМ ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ДАННЫХ В РОССИИ
Л.А. Калиниченко, А.А. Вольнова, Е.П. Гордов, Н.Н. Киселева, Д.А. Ковалева, О.Ю.Малков, И. Г. Окладников, Н.Л. Подколодный, А.С. Позаненко, Н.В. Пономарева, С.А. Ступников, А.З. Фазлиев
[Информатика и ее применение]
|
| 2015 |
The Mammalian Circadian Clock: Gene Regulatory Network and Computer Analysis
O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, N.L. Podkolodnyy
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека.
Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека
Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Онтологическое моделирование в биоинформатике и системной биологии
Подколодный Н.Л., Подколодная О.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
|
| 2014 |
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
ЦИРКАДНЫЕ ЧАСЫ МЛЕКОПИТАЮЩИХ: ГЕННАЯ СЕТЬ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ
Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Подколодный Н.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect
O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov
[Biology Bulletin Reviews]
|
|
Визуализация хромосомоспецифичных последовательностей ДНК при проведении FISH микродиссекционных ДНК-проб с метафазными хромосомами.
А.Г. Богомолов, К.С. Задесенец, Т.В. Карамышева, Н.Л. Подколодный, Н.Б. Рубцов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход
Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Новые возможности системы MGSmodeller
Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты.
Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. .
[Успехи современной биологии]
|
|
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications
Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov
[Lecture Notes in Artificial Intelligence]
|
|
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA
Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
| 2008 |
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks
Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L.
[INTELL DATA ANAL]
|
|
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
[INTELL DATA ANAL]
|
| 2007 |
Application of bioinformatics resources for genosensor design
Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы
Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г.
[Вычислительные технологии]
|
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
| 2005 |
GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2004 |
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 2002 |
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
|
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks.
Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2001 |
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another.
Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов.
М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов
[Molecular Biology]
|
| 2000 |
Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress
F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov
[PROGRAM COMPUT SOFT+]
|
| 1999 |
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
|
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins
Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
WWWMGS: интегрированный сервер для молекулярно-генетических исследований
А.С.Фролов, С.В.Лаврюшев, Д.А.Григорович, А.Э.Кель, А.А.Птицын, Н.А.Колчанов, Н.Л.Подколодный, В.В.Соловьев, Л.Миланези, П.Борн, Э.Вингендер, К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
| 1998 |
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
|
Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности
Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л.
[Molecular Biology]
|
|
|
