Konstantin Gunbin Is not an employee of the Institute Department: Laboratory of Human Molecular Genetics Room: 3302 Email: genkvg@bionet.nsc.ru Work phone: +7 (383) 363-49-63*3302

Publications

2020	The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. [Plants]
2019	ImtRDB: a database and software for mitochondrial imperfect interspersed repeats annotation Shamanskiy VN, Timonina VN, Popadin KY, Gunbin KV. [BMC GENOMICS]
	New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin [BMC GENOMICS]
	Searching for Signatures of Cold Climate Adaptation in TRPM8 Gene in Populations of East Asian Ancestry Alexander V. Igoshin, Konstantin V. Gunbin, Nikolay S. Yudin, Mikhail I. Voevoda [Frontiers in Genetics]
	The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. [BMC PLANT BIOL]
	mtProtEvol: the resource presenting molecular evolution analysis of proteins involved in the function of Vertebrate mitochondria. Kuzminkova AA, Sokol AD, Ushakova KE, Popadin KY, Gunbin KV. [BMC EVOL BIOL]
2018	Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation. Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI. [MOL NEUROBIOL]
2017	Data on the time of integration of the human mitochondrial pseudogenes (NUMTs) into the nuclear genome Gunbin K, Peshkin L, Popadin K, Annis S, Ackermann RR, Khrapko K. [Data in Brief]
	Mitochondrial pseudogenes suggest repeated inter-species hybridization in hominid evolution. Konstantin Popadin, Konstantin Gunbin, Leonid Peshkin, Sofia Annis, Zoe Fleischmann, Genya Kraytsberg, Natalya Markuzon, Rebecca R. Ackermann, Konstantin Khrapko [bioRxiv]
	Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov [BMC BIOINFORMATICS]
2016	Complete genome sequences of two Newcastle disease virus strains isolated from a wild duck and a pigeon in Russia Kabilov M.R., Alikina T.Y., Yurchenko K.S., Glushenko A.V., Gunbin K.V., Shestopalov A.M., Gubanova N.V. [Genome Announcements]
	Integration of mtDNA pseudogenes into the nuclear genome coincides with speciation of the human genus. A hypothesis. Konstantin Gunbin, Leonid Peshkin, Konstantin Popadin, Sofia Annis, Rebecca R. Ackermann, and Konstantin Khrapko. [MITOCHONDRION]
	The Molecular Mechanisms of Heterochromatin Expansion in Rye Chromosomes Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Safar J, Dolezel J, Vershinin AV [CYTOGENET GENOME RES]
	The expansion of heterochromatin blocks in rye reflects the co-amplification of tandem repeats and adjacent transposable elements. Evtushenko EV, Levitsky VG, Elisafenko EA, Gunbin KV, Belousov AI, Šafář J, Doležel J, Vershinin AV. [BMC GENOMICS]
2015	Divergence and population traits in evolution of the genus Pisum L. as reconstructed using genes of two histone H1 subtypes showing different phylogenetic resolution Olga O. Zaytseva, Konstantin V. Gunbin, Anatoliy V. Mglinets, Oleg E. Kosterin [GENE]
	Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters. Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. [TRENDS PLANT SCI]
	The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. [BMC GENOMICS]
2014	Mitochondrial DNA mutations and cancer: lessons from the parathyroid. Popadin K, Gunbin KV, Khrapko K. [AM J PATHOL]
	Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ПОИСК ПЕРЕПРЕДСТАВЛЕННЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ГЕНОВ: ОПЫТ РЕАЛИЗАЦИИ ПЕРЕСТАНОВОЧНОГО ТЕСТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРОВ А.А. Якименко, К.В. Гунбин, М.С. Хайретдинов [Автометрия]
2013	Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA [Frontiers in Genetics]
	BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Evolution of General Transcription Factors Gunbin KV, Ruvinsky A. [J MOL EVOL]
	Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov [PALEONTOL J+(RUS)]
	SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. [In Silico Biology]
	Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng [J INTEGR BIOINFORM]
	Detection of mitochondrial DNA from domestic cattle in European bison (Bison bonasus) from the Altai Republic in Russia Yudin N.S., Kulikov I.V., Gunbin K.V., Aitnazarov R.B., Kushnir A.V., Sipko T.P., Moshkin M.P. [ANIM GENET]
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. [Археология, этнография и антропология Евразии]
2011	Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [BMC EVOL BIOL]
	Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. [Doklady Biochemistry and Biophysics]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. [Вестник ТГУ]
2010	A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Moscow University Biological Sciences Bulletin]
	Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. [Химия и жизнь]
	Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков [Вестник МГУ]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
	Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
2009	Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA [BMC GENOMICS]
	Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. [Doklady Akademii Nauk]
	Эволюция ключевых белков клеточного цикла коррелирует с увеличением сложности эукариотических организмов Турнаев И.И., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. [Doklady Akademii Nauk]
2008	Молекулярно-генетические системы развития: динамика функционирования и молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. [BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
2007	Accumulation of slightly deleterious mutations in mitochondrial protein-coding genes of large versus small mammals Popadin K., Polishchuk L.V., Mamirova L., Knorre D., Gunbin K. [P NATL ACAD SCI USA]
	Model of the reception of hedgehog morphogen concentration gradient: comparison with an extended range of experimental data Gunbin K.V., Omelyanchuk L.V., Kogai V.V., Fadeev S.I., Kolchanov N.A. [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. [In Silico Biology]
	The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. [Lect Notes Comput Sci]
	Vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala) Shukalyuk A.I., Golovnina K.A., Baiborodin S.I., Gunbin K.V., Blinov A.G., Isaeva V.V. [CELL BIOL INT]
	Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. [Информационный вестник ВОГИС]
2006	Численное исследование модели рецепции градиента концентрации морфогена Hedgehog В.В.Когай, К.В.Гунбин, Л.В.Омельянчук, С.И. Фадеев, Н.А.Колчанов [Сибирский журнал индустриальной математики]
2005	Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А. [Информационный вестник ВОГИС]
2004	Генетические механизмы кодирования биологической сложности Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. [Экологическая генетика]
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. [Сибирский экологический журнал]
	Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II. Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А. [Сибирский экологический журнал]
	Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. [Информационный вестник ВОГИС]