 |
Publications
| 2024 |
Peak Scores Significantly Depend on the Relationships between Contextual Signals in ChIP-Seq Peaks.
Vishnevsky OV, Bocharnikov AV, Ignatieva EV.
[INT J MOL SCI]
|
| 2023 |
The context signals
of mitochondrial miRNAs (mitomiRs) of mammals
O.V. Vishnevsky, P.S. Vorozheykin, I.I. Titov
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ.
Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2019 |
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах дифференциально экспрессирующихся генов AGRP нейронов гипоталамуса мыши в ответ на голодание
А. В. Бочарников, Е. В. Игнатьева, О. В. Вишневский
[Вестник СибГУТИ]
|
| 2018 |
ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS
Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
| 2016 |
The Use of Graphics Accelerators to Detect Functional Signals in the Regulatory Regions of Prokaryotic Genes
O. V. Vishnevsky, A. V. Bocharnikov, and A. A. Romanenko.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2015 |
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters.
Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот.
1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ
О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов
М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ
Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2013 |
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
|
|
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА
Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2012 |
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2010 |
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков
[Вестник МГУ]
|
| 2009 |
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2006 |
Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites
O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov
[BIOPHYSICS]
|
|
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana
Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М.
[BIOPHYSICS]
|
| 2004 |
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
| 1999 |
Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences
Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS
[BIOINFORMATICS]
|
| 1997 |
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences
Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E.
[Lect Notes Comput Sci]
|
| 1996 |
Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок
Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 1995 |
Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application.
Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
|
|
