A Principal Components Analysis and Functional Annotation of Differentially Expressed Genes in Brain Regions of Gray Rats Selected for Tame or Aggressive Behavior Irina Chadaeva, Rimma Kozhemyakina, Svetlana Shikhevich, Anton Bogomolov, Ekaterina Kondratyuk, Dmitry Oshchepkov, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel INT J MOL SCI, 2024, 25(9): 4613
2019
The plastid and mitochondrial genomes of Vavilovia formosa (Stev.) Fed. and the phylogeny of related legume genera Shatskaya N.V., Bogdanova V.S., Kosterin O.E., Vasiliev G.V., Kimeklis A.K., Andronov E.E., Provorov E.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, Vol. 23. No. 8. P. 972-980
2016
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova COMPUT BIOL CHEM, 2016, V. 64, P. 19-32
2015
SiO2 nanoparticles as platform for delivery of 3'-triazole analogues of AZT-triphosphate into cells Vasilyeva, S.V., Levina, A.S., Li-Zhulanov, N.S., Shatskaya, N.V., Baiborodin, S.I., Repkova, M.N., Zarytova, V.F., Mazurkova, N.A., Silnikov, V.N. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2015, January 13, 2015 DOI: 10.1016/j.bmc.2015.02.063
Рецептор глюкокортикоидов: переход из цитоплазмы в клеточное ядро, хроматиновый и внутриядерный шапероновый циклы В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т. 19, № 3, С. 255-263
Внутрисуточный ритм секреции глюкокортикоидов и динамика генного ответа В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т. 19, № 2, С. 214-221
Полиморфизм гена TRPM8 в кыргызской популяции:возможная связь с высокогорной адаптацией. Бабенко ВН., Исакова ЖТ., Талайбекова ЭТ., Асамбаева ДА., Кобзев ВФ., Потапова ТА., Воевода МИ., Алдашев АА. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(5), 630-637
Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
Nuclear-cytoplasmic conflict in pea (Pisum sativum L.) is associated with nuclear and plastidic candidate genes encoding Acetyl-CoA carboxylase subunits Bogdanova V.S., Zaytseva O.O., Mglinets A.V., Shatskaya N.V., Kosterin O.E., Vasiliev G.V. PloS One, 2015, 10(3): e0119835.
2014
Геномика Васильев Геннадий Владимирович Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18. №1. С.158-165.
ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
2013
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
2011
Полиморфизм гена HFE у населения Северной Азии Михайлова С.В., Ромащенко А.Г., Бабенко В.Н., Губина М.А., Соболева Д.Е., Кобзев В.Ф., Воевода М.И Вестник РАМН, 2011
Полиморфизм второго интрона гена SDF1 у галловейской, герефордской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота Юдин Н.С., Нефедова М.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2011, Том 47, № 2, стр. 279-283
Ассоциация полиморфизма гена холодового рецептора TRPM8 с липидными показателями крови и антропометрическими параметрами у шорцев Потапова Т.А., Юдин Н.С., Пилипенко И.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Шахтшнейдер Е.В., Огарков М.Ю., Воевода М.И. B EXP BIOL MED+, 2011, №2, стр. 186-190
All signs of the metabolic syndrome in hypertensive ISIAH rats are associated with increased activity of the transcription factors PPAR, LXR, PXR, and CAR in the liver. Е. N. Pivovarova, М. I. Dushkin, M. L. Perepechaeva, V .F. Коbzev, V. А. Тrufakin, А. L. Маrkel BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2011, v.5, N1, P. 29-36. DOI 10.1134/S1990750811010082
Все признаки метаболического синдрома у гипертензивной линии крыс НИСАГ ассоциируются с повышенной активностью факторов транскрипции PPAR, LXR, PXR и CAR в печени Пивоварова Е.Н., Душкин М.И., Перепечаева М.Л., Кобзев В.Ф., Труфакин В.А., Маркель А.Л. Биомедицинская химия, 2011, №4, Т.57, С.435-445
2010
Полиморфизм генов 2'-5'-олигоаденилатсинтетаз (OAS) человека, связанный с предрасположенностью к тяжелым формам клещевого энцефалита, в популяциях Северной Евразии Бархаш А.В., Бабенко В.Н., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Molecular Biology, 2010, Т.44, №6. С. 985-993.
Распространение свиных эндогенных ретровирусов у разных форм Sus scrofa L. 1758 (Suidae, Mammalia) Айтназаров Р.Б., Никитин С.В., Князев С.П., Кобзев В.Ф., Бекенев В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Юдин Н.С., Ермолаев В.И. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №9, стр. 49-54.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Differentiation of wild boar and domestic pig population based on the frequency of chromosomes carring endogenous retroviruses Nikitin S.V., Yudin N.S., Knyazev S.P., Aitnazarov R.B., Bekenev V.A., Deeva V.S., Goncharenko G.M., Kobzev V.F., Savina M.A., Ermolaev V.I. Natural Science, 2010, V.2, N.6, 527-534.
Mitochondrial DNA studies of the Pazyryk people (4th to 3rd centuries BC) from northwestern Mongolia Pilipenko A.S., Romaschenko A.G., Molodin V.I., Parzinger H., Kobzev V.F. Archaeological and Anthropological Sciences, 2010, V. 2. N. 4. P. 231-236.
Differentiation of Wild and Domestic Swine Populations Estimated by the Frequency of Chromosomes Carrying Endogenous Retroviruses. Nikitin S. V., Yudin N. S., Aitnazarov R. B., Bekenev V. A., Deeva V. S., Goncharenko G. M., Kobzev V. F., Savina M. A., Ermolaev V. I., Knyazev S. P.. Natural Science, 2010, N6. V. 2. P. 527-534.
Влияние гепатоканцеpогенноcти эcтpагола на глюкокоpтикоидную индукцию печень-cпецифичныx феpментов и активноcть фактоpов тpанcкpипции Foxа и HNF4 в печени мышей и кpыc В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOPHYSICS, 2010, том 55, вып.2, c.326–335
2009
Correlation between hepatocarcinogenic effect of estragole and its influence on glucocorticoid induction of liver-specific enzymes and activities of FOXA and HNF4 transcription factors in mouse and rat liver Kaledin V I; Pakharukova M Yu; Pivovarova E N; Kropachev K Yu; Baginskaya N V; Vasilieva E D; Ilnitskaya S I; Nikitenko E V; Kobzev V F; Merkulova T I BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Volume 74, Number 4, 377-384, DOI: 10.1134/S000629790904004X
Соответствие между гепатоканцерогенным действием эстрагола и его влиянием на глюкокортикоидную индукцию печень-специфичных ферментов и активность факторов транскрипции FoxА и HNF4 в печени мышей и крыс В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, том 74, стр. 466-475
Полиморфизм гена аполипопротеина Е в популяции коренных жителей Горной Шории и его ассоциация с параметрами углеводного обмена Шахтшнейдер Е.В., Воевода М.И., Огарков М.Ю., Барбараш О.Л., Поликутина О.М., Казачек Я.В., Баум В.А., Юдин Н.С., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г. Атеросклероз, 2009, Том 5, №1, стр. 28-32
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Дифференциация популяций диких и домашних свиней по частоте хромосом, содержащих эндогенные ретровирусы Юдин Н.С., Айтназаров Р.Б., Князев С.П., Бекенёв В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Кобзев В.Ф., Савина М.А., Ермолаев В.И., Никитин С.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, № 4, с.741-750
2008
Особенности захоронения младенцев в жилищах городища Чича-1 в Баабинской лесостепи по данным анализа структуры ДНК Пилипенко А.С., Ромащенко А.Г., Молодин В.И., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Поздняков Д.В., Новикова О.И. Археология, этнография и антропология Евразии, 2008, № 2, Т. 34, С. 57-67
Полиморфизм гена холодового рецептора TRPM8 в этнических группах Сибири и Дальнего Востока Потапова Т.А., Юдин Н.С., Бабенко В.Н., Пилипенко И.В., В.Ф. Кобзев И.В., Гырголькау Л.А., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №4, Том 12, С. 749-754
Популяционное исследование спектра мутаций гена рецептора липопротеинов низкой плотности в российской популяции Воевода М.И., Куликов И.В., Шахтшнейдер Е.В., Максимов В.Н., Пилипенко И.В., Терещенко И.П., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Никитин Ю.П. RUSS J GENET+, 2008, Т. 44, №10, стр. 1374-1378
Редокс-модификация и фосфорилирование регулируют активность митохондриального белкового комплекса, специфично связывающегося с промотором гена сох1 кукурузы Тарасенко В.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 181-183
Сравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 88-95
Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
Effects of o-aminoazotoluene on liver regeneration and p53 activation in mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva O.A, Eremeev A.V., Goloshchapov A., Kalashnikova E., Ilnitskaya S.I., Setkov N.A., Kobzev V., Buzard G.S., Filipenko M.L., Kaledin V.I., Merculova T.I. TOXICOLOGY, 2008, №254, P.91-96
High-affinity cation binding to organic cation transporter 1 induces movement of helix 11 and blocks transport after mutations in a modeled interaction domain between two helices. Gorbunov D, Gorboulev V, Shatskaya N, Mueller T, Bamberg E, Friedrich T, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2008, Jan;73(1):50-61
2007
Консервативность ДНК 3’-нетранслируемой области гена GRO1 северного оленя Юдин Н.С., Потапова Т.А., Кобзев В.Ф., Южаков А.А., Кушнир А.В. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2007, № 9, стр. 93-97
Метилирование CpG-динуклеотидов в районе промотора гена белка S100b у мышей линии BALB/cLac Малуп Т.К., Кобзев В.Ф., Жданова Л.Г., Слободянюк С.Я., Свиридов С.М. Doklady Akademii Nauk, 2007, т. 412, № 1, с.115-117
Cравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М Molecular Biology, 2007, т. 41, № 6. с. 365-370
Активация конститутивного рецептора андростанов (CAR) под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю. Пахарукова*, М.А. Сметанина, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, И.В. Романова, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2007, №9, 144, 313-316
Активация конститутивного рецептора андростанов под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю.Пахарукова, М.А.Сметанина, В.И.Каледин, В.Ф.Кобзев, И.В.Романова, Т.И.Меркулова B EXP BIOL MED+, 2007, т. 144, № 9, с.313-316
Изучение влияния нитрозоэтил мочевины на глюкокортикоидную индукцию тирозинаминотрансферазы и ДНК-связывающую активность некоторых факторов транскрипции в печени мышей Пивоварова Е. Н., Ильницкая С. И., Кобзев В.Ф., Меркулова Т. И., Каледин В. И. Бюллетень СО РАМН, 2007, №1 (123), - С.88-91
2006
Потенциальные сайты связывания фактора транскрипции SF-1: выявление методом SiteGA, экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней Н.В.Климова, В.Г.Левицкий, Е.В.Игнатьева, Г.В.Васильев, В.Ф.Кобзев, Т.В.Бусыгина, Т.И.Меркулова, Н.А.Колчанов Molecular Biology, 2006, Т.40, №3, стр.512-523
Различия в связывании ядерных белков из отличающи хся по устойчивости к хлорохину штаммов P.berghei с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам mdr1 гена Панкова Т.Г., Игонина Т.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2006, т.141, N 3, с.283-286.
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
SNP в начале интрона 2 гена K-ras мыши, ассоциированные сразвитием рака легких, влияют на связывание с факторами транскрипции Е.В. Горшкова, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова B EXP BIOL MED+, 2006, № 6, Т. 141, С.681-684.
Ассоциации эндогенных ретровирусов разных типов с генетическими маркерами в популяциях домашних и диких свиней Айтназаров Р.Б., Ермолаев В.И., Никитин С.В., Савина М.А., Кобзев В.Ф., Князев С.П., Гончаренко Г.М., Бекенёв В.А., Юдин Н.С. Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук, 2006, № 4. C. 39–43.
Изучение возможной связи полиморфизмов интерферон-индуцируемых генов человека OAS1, OAS3, EIF2AK2 и RNASEL с особенностями течения клещевого энцефалита Бархаш А.В., Кобзев В.Ф., Пилипенко П.И., Богданова Ю.О, Морозова О.В., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, №3. С.565-571
2005
Subtype-specific affinity for corticosterone of rat organic cation transporters rOCT1 and rOCT2 depends on three amino acids within the substrate binding region. Gorboulev V, Shatskaya N, Volk C, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2005, May;67(5):1612-9
Amino acids critical for substrate affinity of rat organic cation transporter 1 line the substrate binding region in a model derived from the tertiary structure of lactose permease. Popp C, Gorboulev V, Müller TD, Gorbunov D, Shatskaya N, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2005, May;67(5):1600-11
2003
Полиморфизм гена HFE, ассоциированного с наследственным гемохроматозом, в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Куликов И.В., Ромащенко А.Г., Хаснулин В.И., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2003, Т.39 № 7C. 988-995
2002
Identification of genetic variations of the human organic cation transporter hOCT1 and their functional consequences. Kerb R, Brinkmann U, Chatskaia N, Gorbunov D, Gorboulev V, Mornhinweg E, Keil A, Eichelbaum M, Koepsell H. PHARMACOGENETICS, 2002, Nov;12(8):591-5.
2001
Распространение аллелей C282Y, H63D и S65C гена HFE и предрасположенности к нарушениям метаболизма железа в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Хаснулин, Воевода М.И Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии, 2001, Т.XI, №4, С.13-17
2000
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
1999
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
1998
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome. N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 1998, 6, 95-104
