Анализ последовательностей регуляторных районов генов реляционной системой EXPERT DISCOVERY, встроенной в пакет UGENE. Васькин Ю.Ю., Хомичева И.В., Игнатьева Е.В., Витяев Е.Е. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2012, Т. 10. № 1, стр.73-86
ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes Vaskin Y.Y., Khomicheva I.V., Ignatieva E.V., Vityaev E.E. In Silico Biology, 2012, 2011/2012, 11, 3, P.97-108
2011
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2011, Т.9. Вып. 1. С. 38-43.
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, 2011, Vol. 1, No. 1, pp. 21–28.
2010
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 1. — С. 106–115.
Компьютерная система филогенетического анализа генных сетей: изучение эволюции генной сети клеточного цикла животных Тимонов В.С., Турнаев И.И., Генаев М.А., Гунбин К.В. Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Т. 275, 412–414.
Применение программной системы ExpertDiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика., 2010, Т.8, Выпуск 1, Стр.12-26
Prometheus: Technology for Rapid Development of Biological Databases Timonov V.S., Miginsky D.S. INTELL DATA ANAL, 2010, Vol. 14, no. 2., 159–171.
2008
Технология семантической интеграции баз данных в системной биологии Д.С. Мигинский, В.В. Лабужский, М.М. Лаврентьев-мл., А.В. Морозов, С.А. Соколов Вычислительные технологии, 2008, Т. 13, N 6, C. 103-119
ExpertDiscovery system application for the hierarchical analysis of eukaryotic transcription regulatory regions based on DNA codes of transcription Khomicheva IV, Vityaev EE, Ananko EA, Shipilov TI, Levitsky VG. INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 481-494
Approaches to the Computer Reconstruction of the Biological Networks Miginsky D.S., Suslov V.V., Timonov V.S., Rasskazov D.A., Sournina N.Yu., Podkolodny N.L. INTELL DATA ANAL, 2008, Vol. 12, No. 5 P. 463-479.
Associative Network Discovery (AND) компьютерная система для автоматической реконструкции сетей ассоциативных знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях П.С. Деменков, Е.Э. Аман, В.А. Иванисенко Вычислительные технологии, 2008, 2, 13, 15-19
2007
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г. Вычислительные технологии, 2007, Т. 12, Специальный выпуск 2, С. 107-122
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Vol. 5, No. 02B pp.593-609
2006
Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М.,Иванисенко В.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A. BIOPHYSICS, 2006, Suppl 1, 51, S7-S10
Предсказание контактных чисел аминокислотных остатков c использованием алгоритма нейросетевой регрессии Д.А.Афонников, А.С.Морозов, Н.А.Колчанов BIOPHYSICS, 2006, 51, N7.
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov BIOPHYSICS, 2006, т. 51, выпуск N7., s91-94
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Информационный вестник ВОГИС, 2006, 2, 10, 298-303
2005
GeneNet in 2005. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov. NUCLEIC ACIDS RES, 2005, V. 33. P. D425-D427
