Structural variants in the Epb41l4a locus: TAD disruption and Nrep gene misregulation as hypothetical drivers of neurodevelopmental outcomes Paul Salnikov, Alexey Korablev, Irina Serova, Polina Belokopytova, Aleksandra Yan, Yana Stepanchuk, Savelii Tikhomirov, Veniamin Fishman SCI REP-UK, 2024, Article number: 5288
Towards Development of the 4C-Based Method Detecting Interactions of Plasmid DNA with Host Genome Alexandra P Yan, Paul A Salnikov, Maria M Gridina, Polina S Belokopytova, Veniamin S Fishman BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2024
Modification of the Hi-C Technology for Molecular Genetic Analysis of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Sections of Tumor Tissues Maria M Gridina, Yana K Stepanchuk, Miroslav A Nurridinov, Timofey A Lagunov, Nikita Yu Torgunakov, Artem A Shadsky, Anastasia I Ryabova, Nikolay V Vasiliev, Sergey V Vtorushin, Tatyana S Gerashchenko, Evgeny V Denisov, Mikhail A Travin, Maxim A Korolev, Veniamin S Fishman BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2024
TAD border deletion at the Kit locus causes tissue-specific ectopic activation of a neighboring gene. Kabirova E, Ryzhkova A, Lukyanchikova V, Khabarova A, Korablev A, Shnaider T, Nuriddinov M, Belokopytova P, Smirnov A, Khotskin NV, Kontsevaya G, Serova I, Battulin N. NAT COMMUN, 2024
Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal
in Arabidopsis thaliana L. V. A. Cherenko, N. A. Omelyanchuk, E. V. Zemlyanskaya RUSS J PLANT PHYSL+, 2024, Vol. 71:51
2023
Изменения в социальном предпочтении места и плотность дофаминергических нейронов в вентральном тегментуме у Clsnt2-KO мышей Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Брусенцев Е.Ю., Ульданова Е.Е., Чуйко Э.А., Напримеров В.А., Липина Т.В., Амстиславская Т.Г., Амстиславский С.Я. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Т. 27. № 2. С. 177-184.
Heterologous Expression of Extracellular Proteinase pAsPs of Aspergillus pseudotamarii in Komagataella phaffii. Zadorozhny AV, Voskoboev ME, Bochkov DV, Rozanov AS, Shedko ED, Mescheryakova IA, Blinov AG, Korzhuk AV, Shlyakhtun VN, Bogacheva NV, Antonov EV, Bannikova SV, Goryachkovskaya TN, Peltek SE INT J MOL SCI, 2023, International Journal of Molecular Sciences. 2022; 23(23):15035.
Клонирование и экспрессия гена маннаназы Thermothielavioides terrestris в Komagataella phaffii Задорожный А.В., Павлова Е.Ю., Ушаков В.С., Богачева Н.В., Шляхтун В.Н., Розанов А.С., Воскобоев M.E., Коржук А.В., Новикова Д.С., Банникова С.В., Мещерякова И.А., Васильева А.Р., Брянская А.В., Бочков Д.В., Шипова А.А., Горячковская Т.Н., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2022 Т. 8, № 4. С. 344–351
Hi-C analysis of genomic contacts revealed karyotype abnormalities in chicken HD3 cell line Maslova A, Plotnikov V, Nuriddinov M, Gridina M, Fishman V, Krasikova BMC GENOMICS, 2023
Молекулярные маркеры адаптации к холодному климату у крупного рогатого скота Н.С. Юдин, А.В. Игошин, Д.М. Ларкин Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023
Genetic Dissection of Spike Productivity Traits in the Siberian Collection of Spring Barley Irina V. Rozanova, Yuriy N. Grigoriev, Vadim M. Efimov, Alexander V. Igoshin, Elena K. Khlestkina Biomolecules, 2023
A Multibreed Genome-Wide Association Study for Cattle Leukocyte Telomere Length Alexander V. Igoshin, Nikolay S. Yudin, Grigorii A. Romashov, Denis M. Larkin Genes, 2023
Lethal Yellow Mutation Causes Anxiety, Obsessive-compulsive Behavior and Affects the Brain Melanocortin System in Males and Females of Mice Arseniy E. Izyurov, Alexandra V. Plyusnina, Elizabeth A. Kulikova, Alexander V. Kulikov, Nikita V. Khotskin CURR PROTEIN PEPT SC, 2023
Effects of the Combination of the C1473G Mutation in the Tph2 Gene and Lethal Yellow Mutations in the Raly-Agouti Locus on Behavior, Brain 5-HT and Melanocortin Systems in Mice Komleva P.D., Alhalabi G., Izyurov A.E., Khotskin N.V., Kulikov A.V. Biomolecules, 2023, V. 13, N 6, P.963
Изменения уровня мРНК генов Tph1, Tph2, активности триптофангидроксилазы и метаболизма серотонина в мозге мышей через 5 суток после введения липополисахарида Д. В. Щербаков, А. Б. Арефьева, П. Д. Комлева, А. Е. Изъюров, Н. В. Хоцкин , Д. В. Базовкина, А. В. Куликов Молекулярная биология, 2023, T. 57. № 2, стр. 299-306
2022
ВЛИЯНИЕ ЛИНОЛЕВОЙ КИСЛОТЫ НА ЭФФЕКТИВНОСТЬ ВИТРИФИКАЦИИ ЭМБРИОНОВ МЫШЕЙ Е.Ю. Брусенцев, Т.Н. Игонина, С.В. Окотруб, Э.А. Чуйко, С.Я. Амстиславский Онтогенез, 2022, Т. 53, № 1, С. 58–62
ЭФФЕКТЫ ПРЕНАТАЛЬНОГО ВОЗДЕЙСТВИЯ ЭКЗОГЕННОГО ГОНАДОТРОПИНА НА РАЗВИТИЕ МОЗГА У МЫШЕЙ С.В. Окотруб, И.Н. Рожкова, Е.Ю. Брусенцев, А.М. Горностаева, Д.С. Рагаева, Э.А. Чуйко, С.Я. Амстиславский Журнал высшей нервной деятельности, 2022, Т. 72, № 1, С. 119–131
Клонирование и экспрессия гена целлюлазы Penicillium sp. “occitanis” в K. phaffii T07, выделение и анализ свойств. Розанов А.С., Воскобоев М., Богачева Н.В., Коржук А.В., Шляхтун В.Н., Мещерякова И.А., Романцев В.А., Бочков Д.В., Задорожный А., Пельтек С.Е. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022
Anopheles mosquitoes reveal new principles of 3D genome organization in insects Varvara Lukyanchikova*, Miroslav Nuriddinov*, Polina Belokopytova, Alena Taskina, Jiangtao Liang, Maarten Reijnders, Livio Ruzzante, Romain Feron, Robert Waterhouse, Yang Wu, Chunhong Mao, Zhijian Tu, Igor Sharakhov, and Veniamin Fishman
* authors contributed equally NAT COMMUN, 2022
Сравнительный анализ частот ДНК-полиморфизмов, ассоциированных с заболеваниями и хозяйственно важными признаками, в геномах российских и зарубежных пород крупного рогатого скота А.В. Игошин, Г.А. Ромашов, Е.Н. Черняева, Н.П. Елаткин, Н.C. Юдин, Д.M. Ларкин Vavilov journal of genetics and breeding, 2022
Meta-Analysis of Genetic Factors for Potato Starch Phosphorylation V.K. Khlestkin, T.V. Erst, A.V. Igoshin, I.V. Rozanova, E.K. Khlestkina Agronomy, 2022
Resequencing the Yaroslavl cattle genomes reveals signatures of selection and a rare haplotype on BTA28 likely to be related to breed phenotypes Ruvinskiy D.E., Igoshin A.V., Yurchenko A.A., Ilina A.V., Larkin D.M. ANIM GENET, 2022
Плотность нейронов в коре головного мозга и гиппокампе мышей линии Clsnt2-KO – модели расстройств аутистического спектра Рожкова И.Н., Окотруб С.В., Брусенцев Е.Ю., Ульданова Е.Е., Чуйко Э.А., Липина Т.В., Амстиславская Т.Г., Амстиславский С.Я. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 26(4):365-370
Влияние линолевой кислоты на криоконсервацию полученных путем ЭКО эмбрионов домашней кошки Окотруб С.В., Лебедева Д.А., Окотруб К.А., Чуйко Э.А., Брусенцев Е.Ю., Рахманова Т.А., Амстиславский С.Я. Онтогенез, 2022, Т. 53, № 5, С. 345–357.
A Newly Identified Monoterpenoid-Based Small
Molecule Able to Support the Survival of Primary Cultured Dopamine Neurons and Alleviate MPTP-Induced Toxicity <i>In Vivo</i>. Kotliarova A, Podturkina AV, Pavlova AV, Gorina DS, Lastovka AV, Ardashov OV, Rogachev AD, Izyurov AE, Arefieva AB, Kulikov AV, Tolstikova TG, Volcho KP,
Salakhutdinov NF, Sidorova Y. MOLECULES, 2022, V.27, 23:8286
2021
Alteration of the lipid phase transition during mouse embryos freezing after in vitro culture with linoleic acid T.N. Igonina, K.A. Okotrub, E.Yu. Brusentsev, E.A. Chuyko, D.S. Ragaeva, S.V. Ranneva, S.Ya. Amstislavsky CRYOBIOLOGY, 2021, S0011-2240(21)00014-6.
Whole-Genome Resequencing Points to Candidate DNA Loci Affecting Body Temperature under Cold Stress in Siberian Cattle Populations Alexander Igoshin, Nikolay Yudin, Ruslan Aitnazarov, Andrey A. Yurchenko, Denis M. Larkin Life, 2021
Ultrastructural heterogeneity of the mitochondrial population in rat embryonic and induced pluripotent stem cells Lyubov A Suldina, Anastasiya E Sorokina, Ksenia N Morozova CELL BIOL INT, 2021
E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
Продукция субтилизиновых протеаз в бактериях и дрожжах Розанов А.С., Шеховцов С.В., Богачева Н.В., Першина Е.Г., Ряполова А.В.,Бытяк Д.С., Пельтек С.Е. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(6):647-651
Microorganisms of two thermal pools on Kunashir Island, Russia Rozanov A.S., Korzhuk A.V., Shekhovtsov S.V., Vasiliev G.V., Peltek S.E. Biology, 2021, V. 10. I. 9 P. 924.
Copy number variants in genomes of local sheep breeds from Russia A.V. Igoshin, T.E. Deniskova, A.A. Yurchenko, N.S. Yudin, A.V. Dotsev, M.I. Selionova, N.A. Zinovieva, D.M. Larkin ANIM GENET, 2021
Electron microscopic analysis of autophagy in neurons
with expanded CAG repeats in the huntingtin gene in patientspecific and transgenic cell model Lyubov Suldina, Ksenia Morozova, Tuyana Malanhanova, Anastasia Malakhova, Elena Kiseleva Cell Death Discovery, 2021, (2021) 7:1–14
Metagenomics data of microbial communities in bacterial mats and bottom sediments in water bodies within the Kurai Mercury Province (Gorny Altai, Russia). Rozanov A. S., Myagkaya I. N., Korzhuk A. V., Ershov N. I., Kirichenko I. S., Gustaytis M. A., Saryg-ool B.Y., Malov V.I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Metagenomics data of microbial communities of natural organic matter from the dispersion train of sulfide tailings. Korzhuk A. V., Myagkaya I. N., Rozanov A. S., Ershov N. I., Saryg-Ool B. O. Y., Malov V. I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
2020
Resequencing and signatures of selection scan in two Siberian native sheep breeds point to candidate genetic variants for adaptation and economically important traits J. Sweet‐Jones, A. A. Yurchenko, A. V. Igoshin, N. S. Yudin, M. T. Swain, D. M. Larkin ANIM GENET, 2020
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
Metagenomic data on prokaryotic diversity of Kunashir island geothermal spring Alexei S Rozanov, Anton V Korzhuk, Valeria N Shlyakhtun, Aleksandra A Shipova, Sergey E Peltek Data in Brief, 2020
Diversity and occurrence of methylotrophic yeasts used in genetic engineering Rozanov, A.S., Pershina, E.G., Bogacheva, N.V., Shlyakhtun, V., Sychev, A.A., Peltek, S.E. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, Volume 24, Issue 2, 2020, Pages 149-157
2019
3D organization of chicken genome demonstrates evolutionary conservation of topologically associated domains and highlights unique architecture of erythrocytes' chromatin. Fishman V., Battulin N., Nuriddinov M., Maslova A., Zlotina A., Strunov A., Chervyakova D.,
Korablev A., Serov O., Krasikova A. NUCLEIC ACIDS RES, 2019
Genome‐wide association study for body weight in cattle populations from Siberia A. V. Igoshin, N. S. Yudin, N. M. Belonogova, D. M. Larkin ANIM GENET, 2019
Searching for Signatures of Cold Climate Adaptation in TRPM8 Gene in Populations of East Asian Ancestry Alexander V. Igoshin, Konstantin V. Gunbin, Nikolay S. Yudin, Mikhail I. Voevoda Frontiers in Genetics, 2019
C-InterSecture—a computational tool for interspecies comparison of genome architecture Нуриддинов Мирослав Абдурахимович
Фишман Вениамин Семёнович BIOINFORMATICS, 2019, Volume 35, Issue 23, 1 December 2019, Pages 4912–4921,
Metagenome-Assembled Genome of Halomonas sp. Isolate SL48-SHIP-3 from the Microbial Mat of Salt Lake Number 48 (Novosibirsk Region, Russia) Aleksandra A. Shipova, Anton V. Korzhuk, Valeria Shlyahtun, Alla V. Bryanskaya, Aleksey S. Rozanov, Sergey E. Peltek Microbiol Resour Announc, 2019
2017
New genetic lineage within the Siberian subtype of tick-borne encephalitis virus found in Western Siberia, Russia Sergey E Tkachev, Galina S Chicherina, Irina Golovljova, Polina S Belokopytova, Artem Yu Tikunov, Oksana V Zadora, Victor V Glupov, Nina V Tikunova INFECT GENET EVOL, 2017
